Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,048,846 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,048,846 | 0 | G | C | 99.7%
| 794.3
/ NA
| 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (168/165); total (169/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 1,048,847 | 0 | C | G | 99.4%
| 790.1
/ NA
| 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (167/164); total (169/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,048,848 | 0 | T | A | 99.7%
| 792.2
/ ‑5.0
| 334 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/165); minor base . (1/0); total (169/165) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
AATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCGCTTGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGC > CP042583/1048570‑1049117
|||
aaTGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAAtt < 2:768643/289‑1 (MQ=255)
aGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGt > 1:664946/1‑289 (MQ=255)
aGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGt > 2:1930291/1‑289 (MQ=255)
ggTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACag > 1:2161025/1‑289 (MQ=255)
ggTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACag > 2:702428/1‑289 (MQ=255)
cagattgatagctaGCCACCAGTGCCTGCAAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCATACAGCCAGCACGATGGTGTTGGTGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCGTCCAGACGATCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGGTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGTCGCTGGATACCACGCAGGTCTGCGAGCTGTTTTATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAGCAgaga < 2:1575376/276‑1 (MQ=255)
ggCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAAt > 1:248844/1‑289 (MQ=255)
ggCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAAt < 1:1684972/289‑1 (MQ=255)
cctgccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGacaaca > 1:1939966/1‑289 (MQ=255)
cctgccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGacaaca > 1:1775868/1‑289 (MQ=255)
gccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGaa > 2:51565/1‑289 (MQ=255)
cAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGCCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGAGGGGTCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCATTGCTAACAACCGAAAc > 2:1314489/1‑289 (MQ=255)
ttCAATATCTGCCAGTAACCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGAACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGa < 1:2666785/288‑1 (MQ=255)
cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:2678223/286‑1 (MQ=255)
cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGaa < 1:1381802/288‑1 (MQ=255)
cAATATCTGCCAGTAAACGACGGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:2089386/286‑1 (MQ=255)
cAATAACTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:1336097/286‑1 (MQ=255)
ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa > 1:1647892/1‑289 (MQ=255)
ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa > 2:1561873/1‑289 (MQ=255)
ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAAAAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAGATATATCa > 2:2005071/1‑289 (MQ=255)
ccAGTAAACGAATGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGGACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGGCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGAAAACAGAAAAGAAAAGTATATCa > 2:907483/1‑289 (MQ=255)
aaaCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGGTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg < 1:2602217/286‑1 (MQ=255)
aCGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCt < 1:1146138/289‑1 (MQ=255)
gCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATATCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt > 2:314323/1‑267 (MQ=255)
gTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGgt > 1:2442925/1‑282 (MQ=255)
gTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGGTTGCCGt > 2:414997/1‑289 (MQ=255)
tAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCg > 1:484715/1‑274 (MQ=255)
ccgcGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTAAATCATGCAGCATAGGTGTGCCGTTGTCAc > 2:61172/1‑288 (MQ=255)
tACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCCCGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGCGCAACAGAGACAGTGCAATTCCTGTCTGACCACCGAAACGAAATGTATATCATACCACTTATGTTTGCGGTTGCTCCCTCaa > 2:735249/1‑288 (MQ=255)
ccagcACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt < 2:2538999/245‑1 (MQ=255)
gcACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg < 2:391369/252‑1 (MQ=255)
gcACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGAtt > 1:2066676/1‑288 (MQ=255)
gaggATGGTGTTGGGGGTAGGCGGACTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGCCGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTGATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTc < 2:1989478/285‑1 (MQ=255)
aCGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTcc < 1:72122/288‑1 (MQ=255)
aTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCa < 2:1647892/286‑1 (MQ=255)
aTGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAg > 1:1565770/1‑287 (MQ=255)
tgtTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCtat < 1:1841168/288‑1 (MQ=255)
tgtTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCtat < 2:1229149/288‑1 (MQ=255)
tgtTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCtat < 2:861842/288‑1 (MQ=255)
gtTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCtata < 1:855985/288‑1 (MQ=255)
ttGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAg < 1:418342/249‑1 (MQ=255)
ggggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTcc < 1:627029/276‑1 (MQ=255)
ggggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTcc > 2:627029/1‑276 (MQ=255)
ggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAg > 2:2466624/1‑181 (MQ=255)
ggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGc < 2:195075/278‑1 (MQ=255)
ggTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGACAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACATCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATag > 1:2321111/1‑289 (MQ=255)
agtcagtcTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATg > 1:984005/1‑233 (MQ=255)
agtcagtcTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGAGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATagaag > 2:1498358/1‑289 (MQ=255)
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tctGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGGTCTGTTTAATGCAGTACCACGATGGGGCAATTAAGTGCAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACACCCGAAACGAAATGTAGATCATGCCGCCTAGGTGTGACGTTGTCACCTCAACGGCGCTGCAAGGCTCTAAGTATATAAGAATTACAATTGCGAGTGTTTGCCTTCTTGGTtgtcgt > 2:1112540/1‑286 (MQ=255)
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|||
AATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTAACCGCTTGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGC > CP042583/1048570‑1049117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
