Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,879,461 |
A→T |
7.7% |
K342N (AAA→AAT) |
yidC → |
membrane protein insertase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,879,461 | 0 | A | T | 7.7%
| 989.8
/ 56.6
| 312 | K342N (AAA→AAT) | yidC | membrane protein insertase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (129/159); new base T (8/16); total (137/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
TACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGG > CP009273/3879313‑3879609
|
tACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCaaa < 1:550825/149‑1 (MQ=255)
aCTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAAc > 1:3571066/1‑149 (MQ=255)
cTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCACAct > 2:476367/1‑149 (MQ=255)
ggTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAActgc < 2:1734745/149‑1 (MQ=255)
tCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGa < 2:1424063/149‑1 (MQ=255)
tCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGa > 1:1619953/1‑149 (MQ=255)
ccTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATg < 1:1179260/149‑1 (MQ=255)
cTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATgg > 2:123112/1‑149 (MQ=255)
cTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATgg > 2:4290236/1‑149 (MQ=255)
tGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGa < 1:3999744/149‑1 (MQ=255)
ggTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGAt < 2:2023891/149‑1 (MQ=255)
aGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAt < 1:1099044/149‑1 (MQ=255)
aGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAt > 1:3693637/1‑149 (MQ=255)
tGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCt < 1:297551/149‑1 (MQ=255)
ggCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCtt < 2:3584081/149‑1 (MQ=255)
ggCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCtt < 2:1908347/149‑1 (MQ=255)
gATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTgg < 2:3530427/149‑1 (MQ=255)
aTGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAAGGGATCCATAGCTGTGTggg > 1:4434457/1‑149 (MQ=255)
tGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGt < 2:1689323/149‑1 (MQ=255)
aCAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAAc < 2:4401003/149‑1 (MQ=255)
cAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACt < 2:2516116/149‑1 (MQ=255)
aGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTg < 2:2498264/149‑1 (MQ=255)
gCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgg > 2:62955/1‑149 (MQ=255)
gCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTgg > 2:3064241/1‑149 (MQ=255)
cccTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACATAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGc < 2:1434674/149‑1 (MQ=255)
cccTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGc < 1:4557669/149‑1 (MQ=255)
cccTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGc < 1:407197/149‑1 (MQ=255)
tgtgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtc < 1:3093708/149‑1 (MQ=255)
tgtgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtc > 1:1706970/1‑149 (MQ=255)
tgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTtctc < 2:2329664/149‑1 (MQ=255)
gggTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTcc > 2:2857981/1‑149 (MQ=255)
ggTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCa > 2:4408180/1‑149 (MQ=255)
gTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCAt < 1:1450038/149‑1 (MQ=255)
gTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAGAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCAt < 1:2523040/149‑1 (MQ=255)
ttGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCAtt < 1:968617/149‑1 (MQ=255)
ttGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCAtt > 1:2309485/1‑149 (MQ=255)
ggCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTCGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTat > 2:3407449/1‑149 (MQ=255)
gCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatc > 2:2966693/1‑149 (MQ=255)
ccGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcat < 2:3636245/149‑1 (MQ=255)
cGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcatc > 2:3117155/1‑149 (MQ=255)
ggAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAACTGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcatca > 2:4320978/1‑149 (MQ=255)
aaaTCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcatcatc < 1:3156051/149‑1 (MQ=255)
aaaTCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcatcatc < 1:3244476/149‑1 (MQ=255)
aaaTCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAGAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTatcatcatc < 2:2146660/149‑1 (MQ=255)
cAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTGTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCtt > 2:290868/1‑149 (MQ=255)
aGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCttt > 2:841170/1‑149 (MQ=255)
ggACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTa > 1:377293/1‑149 (MQ=255)
gACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAt < 2:3270724/149‑1 (MQ=255)
gACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAt < 1:2817304/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAtcgt < 1:1558866/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAtcgt < 2:2270295/149‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAtcgt < 2:4667188/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTAtcgttc < 1:4366683/149‑1 (MQ=255)
gCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTgg > 1:4701637/1‑149 (MQ=255)
gTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGcatcat < 1:4154684/149‑1 (MQ=255)
tCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTAcc < 1:80371/149‑1 (MQ=255)
tCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTAcc < 1:3240078/149‑1 (MQ=255)
cGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCg > 1:4057459/1‑149 (MQ=255)
cGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCg > 1:1910256/1‑149 (MQ=255)
gCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGc > 2:79594/1‑149 (MQ=255)
cACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCt < 2:2575185/149‑1 (MQ=255)
cTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGAc > 2:4230201/1‑149 (MQ=255)
tCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAg > 2:928961/1‑149 (MQ=255)
gACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAgcgc > 2:4382118/1‑149 (MQ=255)
gACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAgcgc > 1:426834/1‑149 (MQ=255)
aCCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCa > 2:1660198/1‑149 (MQ=255)
gTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTa > 1:2753339/1‑149 (MQ=255)
ttGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTac > 2:3964515/1‑149 (MQ=255)
ttGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTac > 1:2171791/1‑149 (MQ=255)
aTTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACAcc > 2:1271098/1‑149 (MQ=255)
ttACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCt > 2:3176150/1‑149 (MQ=255)
tACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCCGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTc < 2:4432286/149‑1 (MQ=255)
cGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCa < 1:1356485/149‑1 (MQ=255)
ggttggttGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCAt > 2:1604306/1‑149 (MQ=255)
ttggttgTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATgg > 1:166578/1‑149 (MQ=255)
tggttgTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGc < 2:3913486/149‑1 (MQ=255)
gttgTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGa > 1:2887435/1‑149 (MQ=255)
gttgTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGa > 2:2129409/1‑149 (MQ=255)
ttCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCg > 1:2116300/1‑149 (MQ=255)
aTCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTAt > 2:3238478/1‑149 (MQ=255)
tctctcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATg > 1:581059/1‑149 (MQ=255)
tctctcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATg < 1:1905727/149‑1 (MQ=255)
tctctcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATg > 2:1106/1‑149 (MQ=255)
tctctcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCAGAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATg < 2:4025266/149‑1 (MQ=255)
ctctcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGt < 1:1078588/149‑1 (MQ=255)
tcAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGc > 1:1179674/1‑149 (MQ=255)
gCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGa > 1:1272558/1‑149 (MQ=255)
cTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGaa < 2:3819969/149‑1 (MQ=255)
tGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAg > 1:4026503/1‑149 (MQ=255)
tGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAg < 1:1300476/149‑1 (MQ=255)
gTTCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGa > 1:3082555/1‑149 (MQ=255)
gTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGa < 1:830751/149‑1 (MQ=255)
ttCAATCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGAt > 2:1186070/1‑149 (MQ=255)
ttCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGAt > 2:4129763/1‑149 (MQ=255)
ttCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGAt > 1:430102/1‑149 (MQ=255)
tCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGAtt > 2:4565185/1‑149 (MQ=255)
cAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAATATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTc < 2:877900/149‑1 (MQ=255)
cAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTc < 1:3885383/149‑1 (MQ=255)
cAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTc < 2:3727780/149‑1 (MQ=255)
aaCTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAg > 2:4454182/1‑149 (MQ=255)
|
TACTGGTTCAGCCTGGTCAGACTGGCGCGATGAACAGCACCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGG > CP009273/3879313‑3879609
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
