Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,882,020 |
G→T |
5.5% |
intergenic (+151/‑70) |
tnaC → / → tnaA |
tryptophanase leader peptide/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,882,020 | 0 | G | T | 5.5%
| 1224.9
/ 28.8
| 325 | intergenic (+151/‑70) | tnaC/tnaA | tryptophanase leader peptide/tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (135/172); new base T (12/6); total (147/178) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCTTATC > CP009273/3881872‑3882168
|
cccTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGaa < 2:3275815/149‑1 (MQ=255)
ccTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAAt < 2:30423/149‑1 (MQ=255)
ttCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTa > 2:2715404/1‑149 (MQ=255)
ttCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTa > 1:178977/1‑149 (MQ=255)
cTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAAt < 1:115639/149‑1 (MQ=255)
cTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAAt < 1:1829310/149‑1 (MQ=255)
tGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATc < 1:2170469/149‑1 (MQ=255)
gCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGta < 1:980506/149‑1 (MQ=255)
ccATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGtat < 1:1610580/149‑1 (MQ=255)
aTCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAg > 1:3649420/1‑149 (MQ=255)
tCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGc < 2:1377515/149‑1 (MQ=255)
cAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGAt < 1:3688980/149‑1 (MQ=255)
cAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGAt < 2:2527752/149‑1 (MQ=255)
agagCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATg > 1:4566003/1‑149 (MQ=255)
gCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTaa > 1:1351127/1‑149 (MQ=255)
ccAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAat < 1:2321720/149‑1 (MQ=255)
cAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAata < 1:685429/149‑1 (MQ=255)
aaaCCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAatat > 2:2646173/1‑149 (MQ=255)
aaaCCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAatat > 2:253877/1‑149 (MQ=255)
aTTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAg > 1:4121092/1‑149 (MQ=255)
tAGAGTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAggg < 2:4260676/149‑1 (MQ=255)
aGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGa > 1:2556955/1‑149 (MQ=255)
gATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGAt > 1:1257595/1‑149 (MQ=255)
gATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGAt < 2:4374255/149‑1 (MQ=255)
gATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGAt > 2:2482188/1‑149 (MQ=255)
aTTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATc < 1:4694476/149‑1 (MQ=255)
ttCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCa > 2:1524680/1‑149 (MQ=255)
ttCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCa > 2:453399/1‑149 (MQ=255)
tCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCAc < 2:1534448/149‑1 (MQ=255)
cAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATAGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACt > 2:4161649/1‑149 (MQ=255)
aTGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGt < 1:3981186/149‑1 (MQ=255)
tgtgATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTa > 1:3471204/1‑149 (MQ=255)
gtgATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCATATGTAATATTCACAGGGATCACTGTaa > 2:4590232/1‑149 (MQ=255)
tgATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAAt < 2:2333797/149‑1 (MQ=255)
tgATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAAt < 1:3048584/149‑1 (MQ=255)
tgATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAAt < 1:3612601/149‑1 (MQ=255)
gATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAAtt > 1:1390399/1‑149 (MQ=255)
cTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTATATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTaaa > 1:4191308/1‑149 (MQ=255)
tATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTaaaa < 1:359344/149‑1 (MQ=255)
aTTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAaaat < 1:590577/149‑1 (MQ=255)
ttgtttgCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGGATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAaaataa < 1:1995701/149‑1 (MQ=255)
ttgtttgCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAaaataa < 1:317742/149‑1 (MQ=255)
gtttgCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAaaataaat < 2:1315749/149‑1 (MQ=255)
tttgCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATg < 1:2801196/149‑1 (MQ=255)
ttgCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGa < 1:174138/149‑1 (MQ=255)
gCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAg < 2:630713/149‑1 (MQ=255)
gCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAg > 2:489478/1‑149 (MQ=255)
atCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTa > 2:811699/1‑149 (MQ=255)
atCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTa < 1:1444716/149‑1 (MQ=255)
tCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTAt < 1:329314/149‑1 (MQ=255)
cTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATg > 1:2688731/1‑149 (MQ=255)
ttAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGt < 2:2984596/149‑1 (MQ=255)
ttAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGt > 2:283316/1‑149 (MQ=255)
ccTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGaaaa > 1:1653442/1‑149 (MQ=255)
ccTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGaaaa < 1:3062510/149‑1 (MQ=255)
tttGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACtt < 2:4469596/149‑1 (MQ=255)
gCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTaa < 2:1780922/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAAc > 1:3824158/1‑149 (MQ=255)
ggTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACAtc < 2:3850137/149‑1 (MQ=255)
gTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACAtct < 1:96042/149‑1 (MQ=255)
cATCTCTCTTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTcc < 1:4352727/149‑1 (MQ=255)
aTCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTccc > 1:3265399/1‑149 (MQ=255)
aTCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTccc > 1:2344749/1‑149 (MQ=255)
ctctcGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTg < 2:2083563/149‑1 (MQ=255)
tcGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAAc > 2:317714/1‑149 (MQ=255)
tcGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAAc > 2:1143912/1‑149 (MQ=255)
cGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGACGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAAcc < 2:1708673/149‑1 (MQ=255)
agTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAAcc < 2:3136280/148‑1 (MQ=255)
gTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCCGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCg > 2:2438921/1‑149 (MQ=255)
tttatttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGt > 1:2363087/1‑149 (MQ=255)
ttatttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGtt < 2:2235057/149‑1 (MQ=255)
ttatttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGtt < 1:4219976/149‑1 (MQ=255)
atttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTcc < 2:3425528/149‑1 (MQ=255)
tttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCg > 2:90239/1‑149 (MQ=255)
ttaCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGc > 1:2129630/1‑149 (MQ=255)
aCTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCAt < 1:3129547/149‑1 (MQ=255)
cTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCAtt < 2:3157881/149‑1 (MQ=255)
cTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCAtt < 1:614504/149‑1 (MQ=255)
cTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGAGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATTAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCAtt < 1:3006279/149‑1 (MQ=255)
gTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCgt < 2:3574947/149‑1 (MQ=255)
ttAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGtt < 1:1007882/149‑1 (MQ=255)
aGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTAt > 1:1305705/1‑149 (MQ=255)
aGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTAt < 2:1410865/149‑1 (MQ=255)
gTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTAtt > 1:3522625/1‑149 (MQ=255)
atgatgGTGCTTGCATATATATCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGc > 2:613651/1‑149 (MQ=255)
atgatgGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGc < 1:146938/149‑1 (MQ=255)
gatgGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCa < 1:2830551/149‑1 (MQ=255)
tgGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGt > 2:2628107/1‑149 (MQ=255)
gTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTaa > 2:32197/1‑149 (MQ=255)
gCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTaaaa > 1:906983/1‑149 (MQ=255)
gCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTaaaa < 2:2873213/149‑1 (MQ=255)
cTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAAc > 1:4486903/1‑149 (MQ=255)
tGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGt < 2:1985204/149‑1 (MQ=255)
atatatatCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTAcc < 1:2455592/149‑1 (MQ=255)
tatCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTcg > 1:2064620/1‑149 (MQ=255)
tatCTGGCTAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTcg > 1:3383544/1‑149 (MQ=255)
ggCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCtt > 2:550618/1‑149 (MQ=255)
ggCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCtt > 1:2488687/1‑149 (MQ=255)
cGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCTTAt < 2:4657745/149‑1 (MQ=255)
cGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCTTAt < 2:4092198/149‑1 (MQ=255)
|
TGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCTTATC > CP009273/3881872‑3882168
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
