| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,499,480 | 2 bp→AC | intergenic (+57/‑106) | trpS → / → zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,499,480 | 0 | C | A | 99.7% | 770.5 / NA | 318 | intergenic (+57/‑107) | trpS/zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (136/179); total (137/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | AE015451 | 1,499,481 | 0 | A | C | 100.0% | 296.8 / NA | 318 | intergenic (+58/‑106) | trpS/zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (137/181); total (137/181) | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCT > AE015451/1499361‑1499596 || cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCt > 1:2057926/1‑125 (MQ=255) tGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCt < 2:2057618/124‑1 (MQ=255) gAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGc < 1:2057620/122‑1 (MQ=255) gAAACCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCttt > 2:2057857/1‑125 (MQ=255) gCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGc < 2:2057623/124‑1 (MQ=255) ccGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCgg < 1:2057626/125‑1 (MQ=255) cGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCCCGGCTTTGCCgg > 2:2057985/1‑124 (MQ=255) cGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCgg > 2:2058221/1‑124 (MQ=255) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGgtg > 2:2058127/1‑122 (MQ=255) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttc < 1:2057632/125‑2 (MQ=255) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTACCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttc < 2:2057634/125‑2 (MQ=255) gCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgc < 1:2057636/125‑4 (MQ=255) gCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgcggg < 1:2057639/125‑7 (MQ=25) ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACCGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg > 1:2058576/1‑125 (MQ=25) tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTCGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGttcgcggg > 2:2058161/1‑114 (MQ=25) cAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑cc < 2:2057646/125‑1 (MQ=25) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCCAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGGACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑ccc > 1:2057976/1‑124 (MQ=21) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑cc > 2:2057908/1‑123 (MQ=25) agCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑cccgc > 2:2058054/1‑122 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAcg‑cc < 2:2057649/121‑1 (MQ=21) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTccc > 1:2058338/1‑123 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCcac > 2:2058019/1‑125 (MQ=18) aCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAcg‑cc < 1:2057653/115‑1 (MQ=21) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGAc > 1:2058317/1‑125 (MQ=18) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAc < 2:2057655/125‑1 (MQ=18) aGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGAc > 2:2058089/1‑124 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTg < 2:2057659/125‑1 (MQ=18) ccTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGa > 1:2058211/1‑125 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGAt < 2:2057663/125‑1 (MQ=18) ttGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGAtt > 1:2058090/1‑125 (MQ=18) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAGCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGAt < 1:2057667/122‑1 (MQ=17) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGcc > 1:2058009/1‑124 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCa < 1:2057671/125‑1 (MQ=18) accacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCa < 2:2057672/124‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCAt < 1:2057675/124‑1 (MQ=18) cacaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGcc > 2:2058180/1‑121 (MQ=18) cacaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGCGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTg > 1:2058129/1‑115 (MQ=17) acaGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTa < 2:2057679/124‑1 (MQ=18) gcagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCg < 1:2057681/125‑1 (MQ=18) cagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCgg > 2:2057694/1‑125 (MQ=18) 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cTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCt > 1:2058235/1‑124 (MQ=18) tGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTGCCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCAt < 1:2057705/106‑1 (MQ=14) ccAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAg < 2:2057709/125‑1 (MQ=18) aaaCGGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTAc < 1:2057712/121‑1 (MQ=18) aaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGa < 2:2057716/125‑1 (MQ=18) aCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGAc < 1:2057720/125‑1 (MQ=18) 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aaCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTaa > 1:2058107/1‑125 (MQ=25) aaCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTaa < 1:2057779/125‑1 (MQ=25) aaCAGGCGCCGCGATGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTa > 1:2058494/1‑124 (MQ=25) aCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAAc > 2:2058143/1‑125 (MQ=25) aCAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAAc > 2:2058119/1‑125 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGaa > 1:2058165/1‑125 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCt < 1:2057783/115‑1 (MQ=25) gcgcCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAAt < 2:2057786/125‑1 (MQ=25) cgccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCAACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACg > 1:2058426/1‑121 (MQ=25) gccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCa < 1:2057789/125‑1 (MQ=25) ccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCAt > 2:2058272/1‑125 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg < 2:2057791/125‑1 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc > 2:2058099/1‑125 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGACTCGCTAACGAATCATGAc > 1:2058043/1‑125 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc < 2:2057794/125‑1 (MQ=25) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGCTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACt > 2:2058312/1‑124 (MQ=25) gCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTcc < 2:2057799/124‑1 (MQ=37) cATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:2057801/125‑1 (MQ=37) || GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCACG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCT > AE015451/1499361‑1499596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |