Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 1,499,497 | 1 | . | C | 69.2% | 117.0 / 208.6 | 172 | intergenic (+74/‑90) | trpS/zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/41); new base C (61/58); total (73/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGT‑T‑T‑CGGGCACG‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGC > AE015451/1499373‑1499612 | gATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑t < 1:1390974/125‑1 (MQ=255) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑t > 1:1391141/1‑124 (MQ=255) tGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑tcg < 2:1390981/125‑3 (MQ=255) tGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑t > 2:1391174/1‑123 (MQ=255) gCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑tcg < 1:1390982/124‑3 (MQ=255) cGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑tcgcg < 2:1390983/125‑5 (MQ=255) cGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCC‑CGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGt‑tcgcgg > 1:1391011/1‑120 (MQ=37) ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAc < 2:1390991/124‑1 (MQ=25) tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCAAAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAcg‑c < 2:1390993/125‑1 (MQ=25) cAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg‑c‑c < 2:1390995/125‑1 (MQ=25) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg‑c‑ccgct < 2:1390997/125‑5 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCAcg‑c‑ccg > 1:1391312/1‑121 (MQ=21) ccTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCAcg‑c‑ccgctc < 1:1390998/125‑6 (MQ=21) tGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTccc > 1:1391208/1‑125 (MQ=18) gAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTccc > 1:1391147/1‑124 (MQ=18) aaCGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCcac < 2:1391000/125‑1 (MQ=18) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAg > 1:1391072/1‑123 (MQ=18) aaGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGAc < 2:1391002/125‑1 (MQ=18) gCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAg > 2:1391308/1‑121 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTg > 1:1391520/1‑123 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGAt > 1:1391160/1‑125 (MQ=18) cTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGAt < 1:1391003/125‑1 (MQ=18) caccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCa < 1:1391006/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt > 1:1391185/1‑125 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 2:1391008/125‑1 (MQ=18) ccacAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCAtt < 1:1391010/125‑1 (MQ=18) cagGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCC‑CGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCgg < 2:1391011/124‑1 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCggg < 1:1391014/124‑1 (MQ=18) ggACTGAGGCTGCCAAACGGCGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTAC‑G‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCCTTAAGCGGGc > 2:1391178/1‑125 (MQ=17) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGcc < 2:1391017/125‑1 (MQ=18) gACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATCAAGCGGGcc < 2:1391015/125‑1 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTa < 1:1391020/125‑1 (MQ=18) cTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCt < 1:1391018/124‑1 (MQ=18) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAg < 2:1391022/115‑1 (MQ=17) gAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc > 1:1391292/1‑125 (MQ=18) aGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATc > 2:1391166/1‑124 (MQ=18) aGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCg > 1:1391218/1‑125 (MQ=18) aGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCg > 1:1391351/1‑125 (MQ=18) ggCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc < 1:1391023/125‑1 (MQ=18) gCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGc > 2:1391266/1‑121 (MQ=17) gCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTAc < 1:1391025/124‑1 (MQ=18) ccAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGTCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTCAGCGGGCCTATCGCTACa > 2:1391290/1‑124 (MQ=17) ccAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCGACAg > 2:1391054/1‑125 (MQ=17) cAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGt < 2:1391027/125‑1 (MQ=18) cAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGt < 1:1391028/125‑1 (MQ=18) aaaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTg > 1:1391383/1‑125 (MQ=18) aaaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTg > 2:1391061/1‑125 (MQ=18) aaCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGGAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGa < 1:1391030/125‑1 (MQ=18) cGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACg > 1:1391241/1‑125 (MQ=18) cGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACg < 2:1391033/125‑1 (MQ=18) gTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGc < 1:1391035/125‑1 (MQ=18) gggAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGcc < 2:1391037/124‑1 (MQ=18) 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cgccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATc < 1:1391064/125‑1 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg < 2:1391065/125‑1 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg > 2:1391318/1‑125 (MQ=25) gcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGa < 1:1391067/125‑1 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc < 2:1391069/125‑1 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc > 1:1391234/1‑125 (MQ=25) ggTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc > 1:1391294/1‑124 (MQ=25) ggTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑GCG‑CGGGCACG‑CGC‑GCTCCCAGAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGttttt < 2:1391071/99‑1 (MQ=21) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc < 2:1391074/125‑1 (MQ=25) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc > 1:1391588/1‑125 (MQ=37) aTGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 2:1391078/124‑1 (MQ=25) aTGGCACCGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGTCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGGGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 2:1391076/124‑1 (MQ=25) tggcaccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa > 1:1391281/7‑125 (MQ=37) gcaccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 1:1391238/5‑120 (MQ=37) caccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGaa < 2:1391082/122‑1 (MQ=37) caccGGCTTTGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTT‑TTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 2:1391081/122‑1 (MQ=37) ccGGCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 1:1391080/123‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt < 1:1391083/125‑1 (MQ=38) tttGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCt > 2:1391270/1‑122 (MQ=38) tttGCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt > 2:1391329/1‑124 (MQ=38) ttGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa < 1:1391086/125‑1 (MQ=39) ttGCCGGTGT‑T‑CGCGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa < 2:1391087/125‑1 (MQ=39) tggCCGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTAt < 2:1391096/121‑1 (MQ=38) ccGGTGT‑TCG‑CGGGCACGCC‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCTCTTAGAACGCTATCAAGc > 2:1391225/1‑125 (MQ=39) | GATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGT‑T‑T‑CGGGCACG‑C‑C‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGC > AE015451/1499373‑1499612 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |