| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 1,499,480 | 2 bp→AC | intergenic (+57/‑106) | trpS → / → zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 1,499,480 | 0 | C | A | 100.0% | 484.7 / NA | 185 | intergenic (+57/‑107) | trpS/zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (77/108); total (77/108) | |||||||||||
| * | AE015451 | 1,499,481 | 0 | A | C | 100.0% | 181.8 / NA | 185 | intergenic (+58/‑106) | trpS/zapE | Tryptophan‑‑tRNA ligase/putative enzyme with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (77/108); total (77/108) | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCT > AE015451/1499362‑1499596 || cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTTGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCt > 2:1391253/1‑125 (MQ=255)cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGc < 2:1390966/124‑1 (MQ=255)cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCt < 2:1390967/125‑1 (MQ=255)cTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCt > 2:1391261/1‑125 (MQ=255) 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ttCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAc < 2:1390991/124‑1 (MQ=25) tCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCAAAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAc‑g‑c < 2:1390993/125‑1 (MQ=25) cAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cc < 2:1390995/125‑1 (MQ=25) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cc > 2:1391197/1‑123 (MQ=25) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑c > 2:1391299/1‑122 (MQ=25) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCACGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAc‑g‑cccg > 1:1391128/1‑123 (MQ=21) 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ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGaa < 2:1391060/125‑1 (MQ=25) ggCGCCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGaa > 1:1391436/1‑125 (MQ=25) gcgcCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGaa > 1:1391344/1‑124 (MQ=25) gcgcCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAAt < 2:1391063/125‑1 (MQ=25) gcgcCGCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAAt < 1:1391061/125‑1 (MQ=25) gcgcCGCGGCGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCg > 1:1391544/1‑101 (MQ=18) cgccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATc < 1:1391064/125‑1 (MQ=25) cgccgcGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTGGCCTCGCTAACGAATc > 1:1391471/1‑125 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg < 2:1391065/125‑1 (MQ=25) cgcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg > 1:1391293/1‑125 (MQ=25) gcgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGa < 1:1391067/125‑1 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc > 1:1391234/1‑125 (MQ=25) cgGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc < 1:1391068/125‑1 (MQ=25) ggTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGAc < 2:1391070/124‑1 (MQ=25) ggTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACt < 2:1391072/125‑1 (MQ=37) gTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTttgtt < 2:1391075/102‑1 (MQ=21) aTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCG‑CGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg < 2:1391077/117‑1 (MQ=25) aTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTT‑CGCGGGCAC‑GCCC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 2:1391079/124‑1 (MQ=37) || CTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTT‑T‑CGGGCAC‑G‑CC‑GCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCT > AE015451/1499362‑1499596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |