| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,741,229 | 0 | A | C | 57.9% | 12.5 / 33.6 | 38 | intergenic (+466/+287) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/13); new base C (16/6); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGC > AE015451/4741186‑4741338 | tGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAAGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg < 1:3561054/124‑1 (MQ=255) aaCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGCCCTTGGCCAgcggcg > 2:3561304/1‑124 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGgcgc > 2:3561332/1‑123 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 2:3561055/124‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGcc < 2:3561056/123‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCt > 1:3561358/1‑124 (MQ=255) gggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCt > 1:3561152/1‑123 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 2:3561061/124‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 2:3561059/124‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:3561062/124‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:3561063/124‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCCGCGGCGCCTTGAt > 2:3561164/1‑124 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt < 2:3561064/121‑1 (MQ=255) taGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCa > 1:3561149/1‑124 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc > 2:3561246/1‑124 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCTCAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 1:3561065/120‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcggcg > 2:3561299/1‑113 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:3561171/1‑124 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGAt < 2:3561066/117‑1 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:3561325/1‑123 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca < 2:3561098/124‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGt > 1:3561169/1‑122 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca > 2:3561267/1‑124 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca > 1:3561183/1‑123 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTca > 1:3561307/1‑123 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac < 2:3561085/124‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac < 2:3561095/124‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACAcc < 1:3561118/124‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:3561204/1‑124 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:3561321/1‑124 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgc > 2:3561347/1‑124 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACTCGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa < 2:3561105/124‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa < 2:3561096/124‑1 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGAt < 2:3561087/124‑1 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGa > 1:3561301/1‑123 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATa < 2:3561102/123‑1 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAg > 2:3561232/1‑124 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCTGCGACTTGC‑ATTCGTGAATCCAGGCAC‑AGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 2:3561122/124‑1 (MQ=255) | TGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAA‑CCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGC > AE015451/4741186‑4741338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |