| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,836,008 | G→A | 13.7% | intergenic (‑79/‑214) | yicJ ← / → selC | putative xyloside transporter YicJ/tRNA‑Sec |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,836,008 | 0 | G | A | 13.7% | 68.1 / 2.8 | 28 | intergenic (‑79/‑214) | yicJ/selC | putative xyloside transporter YicJ/tRNA‑Sec |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/10); new base A (2/2); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
ACCAAAAACATGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATAACCAATTTTCTCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGT > NC_000913/3835772‑3836207 | acaaaaaaCACGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATAACCAATTTTCTCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTACTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGGTAACGCTTTTTGTAACCCATCCCTGTG‑GAGCGGAATATTCC‑AAATTCCGGTTTTTAATTTATGGtttttttttttttttg > 2:25864/4‑269 (MQ=255)acaaaaaaCACGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATAACCAATTTTCCCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTTTAGGGGTGCTGAGACCGATAACTCCTTTTTTAACCCCTCCCTGTTAGGGC‑GAATATTCCAAATATCGTTTTATT‑ATTTATGGtttttttttttttgtt > 2:25857/4‑269 (MQ=255)aCCAAAAACATGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATCACCAATTTTCTCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCCTCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGa > 1:122937/1‑275 (MQ=255)aCCAAAAACATGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATAACCAATTTTCTCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTAATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGa > 1:205472/1‑275 (MQ=255) 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gaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCa < 2:157627/117‑1 (MQ=255) gaCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg < 1:16519/166‑1 (MQ=255) aCCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaa > 1:25037/1‑184 (MQ=255) aTAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTAGATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaaaa < 2:25037/184‑1 (MQ=255) tAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATc > 2:87424/1‑82 (MQ=255) tAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCt > 1:180477/1‑146 (MQ=255) gCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTgg < 1:87424/82‑1 (MQ=255) gCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCg < 2:180477/146‑1 (MQ=255) | ACCAAAAACATGGTTCCGACAAAACCGGCAGGAATGCCAAAAATATCGGTATAAAAGAACATCATATATAACATTACGTTATCGAAAATAATGTGGCTGGCGGCGTCTCCCATGCCATAACCAATTTTCTCTTTAACGGACAACACTTCACTCTTCATCTGCTTTTCCTTGATGCTATAGGGGTGCTGAGACCGATAACGCATTTTGTAAACCATCCCTGTGAGAGC‑GAATATTCC‑GATATCTGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAGAAACTCAAGGAAGTAGCTATAATGCGCCCCGCCTCCATGT > NC_000913/3835772‑3836207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |