Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,604,819 | A→T | 27.9% | N258I (AAT→ATT) | lsrD → | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,604,819 | 0 | A | T | 27.9% | 10.8 / 3.5 | 14 | N258I (AAT→ATT) | lsrD | Autoinducer‑2 ABC transporter membrane subunit LsrD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/5); new base T (2/2); total (7/7) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 |
TTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGTAGGTCGTTCCGTTAGCCTGCATCGCCAGCAAATTAAAGAGTGGCTGG > NC_000913/1604549‑1605010 | ttATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCGGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGTGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATAtt < 1:196019/275‑1 (MQ=255) aCCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTACGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCAGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCAAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTttatt > 1:8917/1‑275 (MQ=255) gtataagcgccagggCAAAGCCCGCGCGTGGCCGTTTATAGCGCGATTGCAGTGAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTTGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTGTCGTATTTTGGTTCAGCACGTGCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCGCCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGcaac < 1:29225/262‑1 (MQ=255) cgcgTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGGGCTCGGTGCGTCGCTCCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTCCTTGGCGGGGCCGATTTTTCTGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGGCCCGCCCATTAGGTTTTTTTCATGGGATATTTGCAAAGAGGTTTGTATATGGCCgggtgtgc > 2:51558/1‑269 (MQ=255) cgcgTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGATATATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTTGTTCAGCAGGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTCTCTGATGCCCGTCTTCACCGCCGGTGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCCGTTCCAGTATCGGCCCCGCCATGGCGGTTTGTTGAGGGGGGTATTTGGCACGAGGTTTTCAAATgctttttttatc > 2:29225/1‑264 (MQ=255) cgcgATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGCTGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCATTATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACGGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGAGATTTGCAACCAGGTTTCCAAAGGGCCGGGTTGCCCAATTAGgtgttcgtcg > 2:16761/1‑269 (MQ=255) cgcgATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCCTTTTTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCCCCGCCATTGAGGTTTTATTGGTGGGGTTTTTGCCACCGTGTTTGCAAATGGTCGGGTTGCCCAATcccggggtgcggt > 2:16766/1‑263 (MQ=255) tgCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCATTATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTAtcgtcg < 1:16761/275‑1 (MQ=255) tgCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCATTATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTAtcgtcg < 1:16766/275‑1 (MQ=255) tgCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGGCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTGGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTAtcgtcg < 1:51558/275‑1 (MQ=255) gCGGCTGCGGTCGCCGCGGTGCTGCTTGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGGGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCTGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCAAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTgcg < 1:51542/237‑1 (MQ=255) aTCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCCTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTTCGGTTCCATTATCGGCACCGCCCTTGCGGGTTTATTAGTGGGATATTTGCTACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTCCTTATAGTCGTTGTCGTAGGTCGTTCCGTTAGCCTGCATCGCCAGCAAATTAAAGAGtggctgg > 1:60578/1‑275 (MQ=255) aTCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATATCGGTGCGGCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGGGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGGCAGTGCGGTTGTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGGTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTCCTTAtc > 1:52173/1‑217 (MQ=255) aTCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGTAGGTCg < 1:195647/208‑1 (MQ=255) | TTATCTTCCTGATATGTCTCCTCGTTTTCTGGCTCTGGCTGCATAAAACCCATGCCGGACGTAATGTGTTTTTGATTGGGCAAAGCCCGCGCGTGGCGCTTTATAGCGCGATTCCAGTTAACCGTACCTTATGTGCGCTCTATGCCATGACGGGGCTGGCGTCTGCGGTCGCCGCTGTGCTGCTGGTATCGTATTTTGGTTCAGCACGTTCCGATCTCGGTGCGTCGTTTCTGATGCCCGCCATCACCGCCGTGGTGCTTGGCGGGGCCAATATTTATGGTGGTTCCGGTTCCATTATCGGCACCGCCATTGCGGTTTTATTAGTGGGATATTTGCAACAAGGTTTGCAAATGGCAGGAGTGCCAAATCAGGTGTCCAGCGCCCTTTCCGGTGCGCTACTTATCGTCGTTGTCGTAGGTCGTTCCGTTAGCCTGCATCGCCAGCAAATTAAAGAGTGGCTGG > NC_000913/1604549‑1605010 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |