Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | 100% | insB5–insA5 | insB5, insA5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1978503 | 1979278 | 776 | 27 [0] | [1] 28 | insB5–insA5 | insB5,insA5 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 24 (1.290) | 19/368 | NT | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 family protein InsB |
? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA5/uspC | IS1 family protein InsA/universal stress protein C |
TGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAA > NC_000913/1979097‑1979504 | aaccacctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcataaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa > 1:27520‑M2/183‑187 (MQ=255) acctttttggtttaatatgtccttacaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa < 2:27520‑M2/9‑1 (MQ=255) aatattccctaaaaaatagaaatgggtctttacaattatctaagattttgcctaaaacgccgcaactgtactcgtccctccacgcacatacaacgggtgggggctgcgattttcaacaatgcttgctgcagagcacacaaaacactctattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAATTTATTCGCTACGCTACCAAGCAAACATGAAACAGGTATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGt < 2:43261‑M2/110‑1 (MQ=255) acaaatagaaatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgactcaactgtactcgccactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactccattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGaaa > 1:282797‑M2/155‑246 (MQ=255) ctcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAgcaagcaa > 1:96191‑M2/96‑164 (MQ=255) 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(MQ=255) ctaaacacacacaaaaaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACGTTTGGTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTGTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTaaa < 2:50030‑M2/185‑1 (MQ=255) ctacactcacatacaacggaggggggctgcaattttcaataattcgggatgcagatcacacagtacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgt < 2:255543‑M2/25‑1 (MQ=255) ctacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACttttgtttt < 2:318730‑M2/21‑1 (MQ=255) tacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATATGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGaaa > 1:32203‑M2/88‑179 (MQ=255) 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1:261272‑M2/213‑3 (MQ=255) ctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACCGGAATAATCGaaa > 1:43392‑M2/63‑154 (MQ=255) cgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACttt > 1:96919‑M2/60‑215 (MQ=255) tttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGTGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg < 2:96919‑M2/160‑1 (MQ=255) acaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGc > 1:209721‑M2/30‑228 (MQ=255) 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aacatAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAAACACTTACCGCACAACAAACTAAggaaggtgcgaacaa > 1:220326‑M1/3‑221 (MQ=255) taaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGaataat < 2:202861‑M2/87‑1 (MQ=255) | TGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAA > NC_000913/1979097‑1979504 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |