Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,993,470 | A→T | 9.0% | *459Y (TAA→TAT) | ygeH → | putative transcriptional regulator YgeH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,993,470 | 0 | A | T | 9.0% | 124.1 / 3.0 | 46 | *459Y (TAA→TAT) | ygeH | putative transcriptional regulator YgeH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/19); new base T (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 |
GCCTCTCTCTACTACTATAGGGCACTAGTCCACTTTCATAATGAAAAAATTGAAGAGGCAAGGATTTGTATAGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAATTGACAACATTTTGAAATTAAAGCAGCTGACGAGAATTTGTATGCGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACAACAGAGATAAAAATATCTAAGATATTCACCTTATTGCAAGATATTTAAAATGCTCTAGAGTTAAAAGTATGATGTAAAGACCATTGGCCTGGACAATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCAATCGGTATCAATAATTTATCTCAAAGTTCAAATATAGCGAATGCAACGGGTGATGAAGTCGTATCAT > NC_000913/2993207‑2993716 | gCCTCTCTCTACTACTATAGGGCACTAGTCCACTTTCATAATGAAAAAATTGAAGAGGCAAGGATTTGTATAGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTGGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTACCCCGCTCACAAACAACATTAAACTCTACTATCAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCAACGAGTTATAATTGACAACATTTTGAATTTAAAGCAGCTGACGAGAATTTGTATGCGATAAATTTTTATTGa > 1:203093/1‑275 (MQ=255) 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> 1:10265/1‑70 (MQ=255) cGAGAATTTGTATGCGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTa < 2:10265/70‑1 (MQ=255) tttGTATGCGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACACCAGAGATAAAAATATCTAAGATATTCACCTTATTGCAAGATATTTAAAATGCTCTAGAGTTAAAAGTATGATGTAAAGACCATTGGCCTGGACCATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCa > 1:82121/1‑193 (MQ=255) tATTCGATAAAGTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGGTGTATGCAACCTGTTATTTAAACAACAGAGATAAAAATATCTAAGATATTCACCTTATGGCAAGATATTTAAAATGCTCTAGAGTTAAAAGTATGATGTAAAGACCATTGGCCTGGACAATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCAATCg < 2:82121/193‑1 (MQ=255) cGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACAACAGAGAt > 2:6421/1‑68 (MQ=255) aaaTTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACAACAGAGATaaaa < 1:6421/68‑1 (MQ=255) | GCCTCTCTCTACTACTATAGGGCACTAGTCCACTTTCATAATGAAAAAATTGAAGAGGCAAGGATTTGTATAGACAAATCACTACAACTCGAACCCAGAAGACGAAAAGCAGTTGTGATAAAAGAATGTGTAGATATGTATGTGCCTAACCCGCTCAAAAACAACATTAAACTCTACTATAAAGAAACTGAGAGTGAAAGCCATCGAGTTATAATTGACAACATTTTGAAATTAAAGCAGCTGACGAGAATTTGTATGCGATAAATTTTTATTGACGCAATTTTATTATTTAGATGTATGCAACTTGTTATTTAAACAACAGAGATAAAAATATCTAAGATATTCACCTTATTGCAAGATATTTAAAATGCTCTAGAGTTAAAAGTATGATGTAAAGACCATTGGCCTGGACAATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCAATCGGTATCAATAATTTATCTCAAAGTTCAAATATAGCGAATGCAACGGGTGATGAAGTCGTATCAT > NC_000913/2993207‑2993716 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |