| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,395,649 | T→C | 17.4% | I92V (ATT→GTT) | ynaI ← | small conductance mechanosensitive channel YnaI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,395,649 | 0 | T | C | 17.4% | 44.0 / 5.4 | 23 | I92V (ATT→GTT) | ynaI | small conductance mechanosensitive channel YnaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/8); new base C (2/2); total (13/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
CCAATACTGAAAGGACGGTCGAAATAGAGCATAATCCCGGAAAAGAAGTTACTCAGAATATCTTTACCGGCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATAAAAATCCTTTTCTTTTACGATTTCCACGGCGAAACCAAAAGCTCATCAGAATCAATGCTGCGCAGCTACCGAAAATAATGACCAGATTAAGCGCATTATTTGTAAACAGT > NC_000913/1395378‑1395911 | caaatccaaaaaGGAAGGTCAAAAAAAGCCATAATCCCGGAAAAGAAGTTACTCAGAATAGCTTTACCGGCCAGACCGCCAGCCAGACCACCAATACCCCCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAATGCTAATGCCGAAATGTTCGCCATGAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACCTAATCCGCGCGCTGGTGATATCGCGACCTTGTGTACTCTGCTGTGTTTCAACCTGATTAATCAGAAGAAGTAGCGTAATCGt < 2:38898/266‑1 (MQ=255) aCTCAGAATATCTTTACCGGCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAACCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTgggg > 1:34489/1‑275 (MQ=255) aCTCAGAATATCTTTACCGGCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATAGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTGTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAACCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTgggg > 1:34498/1‑275 (MQ=255) tACCGGCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCg > 1:284000/1‑222 (MQ=255) acaaacaccccaaaaGGTCAGAAAACCAAAAAGGACAATGCCGAAATGGTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTGTGATGTTACGCGACATAATCCGCGCACTGGTAATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTGTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAACCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACTCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaatgaa < 2:34489/263‑1 (MQ=255) acaaaacccacaaAAATTCAGAAAGCCAGAAAGGCTAATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATAGTGATTTTGATGTTACGCGACATAATTCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAACCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCTATAACTCCAGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACAtaatgaa < 2:34498/268‑1 (MQ=255) tACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGt < 2:86190/181‑1 (MQ=255) aaccaAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATCAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGCCGTACTGATAAAATCGATAAAGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTTAAGTTTTCTAAAACAtaatttaatatgtca > 2:160532/2‑265 (MQ=255) tCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCCCTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAACTAGCTTAATCGTCCGAATACCCGCCATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGCTAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTa > 1:14851/1‑274 (MQ=255) gCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACAGCAATCAGGGACGTACAGATAAAAt > 1:279135/1‑182 (MQ=255) ccGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAAGCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATNATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGAtt < 1:160533/273‑1 (MQ=255) aaCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGNGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAAACGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATACATTTGCGTTCATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATaaaa > 1:156007/1‑275 (MQ=255) aaCAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGACATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATACCCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTGTATAGTTTTCTATAACATAATTCATCATGCTACCAACAg > 1:133659/1‑227 (MQ=255) acaATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGAAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAGTCCGGGACGTACAGAAAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTCAAGTTTGATATAACATACTTAATAATGCTACCAACAGCACTGCTAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATAAAAATCctttttt > 2:73442/1‑273 (MQ=255) ggTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTGTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGAGTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGGCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATtaata < 1:369678/196‑1 (MQ=255) gTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATATTGTTACCAACAGCACTGTTAATTATGTGGTAGATTAAAAATTGCAc > 1:372189/1‑242 (MQ=255) cACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAg > 2:59932/1‑177 (MQ=255) ggTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAAGTAATAATGCTACCAACAGCACt < 1:59932/177‑1 (MQ=255) gcgACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAg > 1:109777/1‑164 (MQ=255) ccTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACt < 2:109777/164‑1 (MQ=255) ctgTTTTTCAAAATGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAAAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAATTCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTTAGTTAATAGTTTTATATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATAAAAATCCTTTTCTTTTACGATTTCCACGGCGAAACCAAAAGCTCATCAGAAt < 1:355131/243‑1 (MQ=255) agAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATAAAAATCCTTTTCTTTTACGATTTCCACGGCGAAACCAAAAGCTCATCAGAATCAATGCTGCGCAGCTACCGAAAATAATGACCAGATTAAgc > 1:5096/1‑258 (MQ=255) gAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAATTTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATGGCACCGCATGTAATAAAAATCCTTTTCTTTTACGATTTCCACGGCGAAACCAAAAGCTCATCAGAATCAATGCTGCGCAGCTACCGAAAATAATGACCAGTTTAAGCGCATTATTTGTAAACAGt < 1:73442/275‑1 (MQ=255) | CCAATACTGAAAGGACGGTCGAAATAGAGCATAATCCCGGAAAAGAAGTTACTCAGAATATCTTTACCGGCCATACCGACAGCCAGACCACCAATACCACCAAAGGTCAGCAAGCCAGAAAGGCTCATGCCGAAATGTTCGCCATAAAGCAGAACAAGCACCACAATAATGGTGATTTTGATGATACGCGACATAATCCGCGCACTGGTGATATCGCGACCTTTTTTAATCTGCTGTTTTTCAAACTGATTAATCAGCAGAAATAGCTTAATCGTCAGAATAACCGCAATCAGGGACGTACAGATAAAATCGATAACGCCTGGGGTGATAAATTTGAGTTTATAGTTTTCTATAACATAATTAATAATGCTACCAACAGCACTGATAATTATGGTGTAGATTAAAAATTGCACCGCATGGAATAAAAATCCTTTTCTTTTACGATTTCCACGGCGAAACCAAAAGCTCATCAGAATCAATGCTGCGCAGCTACCGAAAATAATGACCAGATTAAGCGCATTATTTGTAAACAGT > NC_000913/1395378‑1395911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |