| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,818,531 | T→A | 12.5% | intergenic (‑31/+74) | chbF ← / ← chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/ChbR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,818,531 | 0 | T | A | 12.5% | 74.5 / 2.3 | 32 | intergenic (‑31/+74) | chbF/chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/ChbR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/16); new base A (2/2); total (14/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
CGCGGCGATCCAGCGTTTTATAAAGCTTCATCGGGACGCCAGCGTTATCAATCATCCGTTGGCAGAGATCGAAAATAATATCCAGTTTCGGTTTACCACCTTCGACATCCACCAGCCATAATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGC > NC_000913/1818275‑1818804 | cgcgGCGATCCAGCGTTTAATAAAGCTTCAACGGGACGCCAGCGTTATCAAGCATCCGTTGGCAGAGATCGAAAATAATATCCAGTTTCGGTTTACCACCTTCGGCATCCACCAGCCATAATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACAAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGcccccc < 1:240385/275‑1 (MQ=255) aacgCTTCCTCGGGACGCCAGCGTGTGCAATCATCCGTTGGACGAGATCGAAAATAATTTCCAGTTTCGGCTTACCACCTTCGACATCCACCAGCCATAATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa < 2:104408/272‑1 (MQ=255) ccAGTTTCGGTTTACCACCGTCGACATCCACCAGCCATAATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt < 1:252657/275‑1 (MQ=255) cTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGCCTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCACTCCAGAATACTGAAATCTGGCATATCTTCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAgg > 1:331038/1‑196 (MQ=255) ccGGCAATTCGTTATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGGAACTCCGGGGTATAGCTGCGCCCGCCTCCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGACCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCaa < 1:400545/222‑1 (MQ=255) aaacagtaataaATCCTTCCAGTACCTCCGTGGTATAGCTTCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGATCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCCTCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTTAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCggg < 1:206357/268‑1 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAACTTCAGTCAATTTCTTACTATAGCTCTTAGGCGTCAAGGACGTTAATTTCTTAAACTTTTTAATAAAAAAAATCGGGgttctaataccctttttt > 2:206356/1‑263 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGAAGTCTTTTAATTTCTGGCTCATGATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGctct < 1:352608/207‑1 (MQ=255) aaCTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCAACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGTACAAAAAGAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTTTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATGTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCa < 1:229770/275‑1 (MQ=255) gggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATCTCTGGCATATCTGCCCCCCCGGAAAGAAATAATTCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTGAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTCACGGACGTTAATTCCTTAAACGTTTTAATACACAAACt > 1:38468/1‑240 (MQ=255) gggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGTCATATCTGCCCCCCCGGAAATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACGAACTCGGGCTACTATAACCGGc > 1:307159/1‑258 (MQ=255) taGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACataa > 1:8077/1‑105 (MQ=255) taGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACt > 1:67935/1‑235 (MQ=255) tgctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACataaagaa < 2:8077/105‑1 (MQ=255) tgctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCggg < 2:67935/235‑1 (MQ=255) gctCCCGCCACCAGTAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGGACAGAATACTGCTATCTGGAATATCTGCCCCCCCGGACATACATAATCCAGCCACAGGACAGATCTGTCAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATATCTTACGATAGCGCTTAGGCGTAAAGGANGTTAATTGCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCggg < 1:160994/234‑1 (MQ=255) gcgtccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCCCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGGATACTGATATCTGGCATAGCTGCCCCCCCGGACAGAAATAATCCAGCAACAGGAGAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGCCTTAATGAATAAATTCAGTCAATTTCTGACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCggg < 1:302081/230‑1 (MQ=255) ctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATACTTTCTCCCTTCAGTACAGACTACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTAAGGTATACCGACTTACTGATTAAATTAAGTCAATTTCTTACGATAGCCCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAACAAAACTCGGGCTACTAAAACCGGCCCAAAACGCAatat > 1:404323/1‑261 (MQ=255) ctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGTTATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGTTTAACTTCAGTCAATTTCTTACGTTAg > 1:291573/1‑179 (MQ=255) ctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAACGGACGTTAATTTCTTAACCGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCaaa > 1:53617/1‑253 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATCACTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTGACTGATTAAATTCAGTCAGTTGCtt > 2:146463/1‑170 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATAACTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCtt > 2:146472/1‑170 (MQ=255) ccaccaATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATAACTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:146464/170‑1 (MQ=255) ccaccaATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATAACTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:146473/170‑1 (MQ=255) caATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGcc > 2:77011/1‑76 (MQ=255) aGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGcccccc < 1:77011/76‑1 (MQ=255) cTCATAATTTCTCCCTTAAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAAAAGGACAGATATGTGAATTGGTAGGTATAACGACTGACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGTACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACCAACTCGGGGTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATa < 1:228768/275‑1 (MQ=255) cAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCGGTCAATTTCTTCCGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGt < 1:15249/212‑1 (MQ=255) aGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAAACGAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTGGGCGTAAGGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAACCAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATCGTTTGCCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATAAGGAATTTAtttttttt > 2:179381/1‑268 (MQ=255) cAGAATACTGATATCTGGCATAGCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCTTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATa < 1:179382/253‑1 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa > 2:127807/1‑115 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:127808/115‑1 (MQ=255) tCTGGCAGATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGAATTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTGTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGc < 1:36541/274‑1 (MQ=255) | CGCGGCGATCCAGCGTTTTATAAAGCTTCATCGGGACGCCAGCGTTATCAATCATCCGTTGGCAGAGATCGAAAATAATATCCAGTTTCGGTTTACCACCTTCGACATCCACCAGCCATAATTCGCTGACCGGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGC > NC_000913/1818275‑1818804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |