| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AC_000091 | 1,676,369 | (C)6→7 | coding (743/1035 nt) | ydgG → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 1,676,363 | 1 | . | C | 96.2% | 382.5 / 9.4 | 104 | coding (737/1035 nt) | ydgG | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base C (51/49); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGT > AC_000091/1676275‑1676447 | cACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑cc > 2:1889771/1‑90 (MQ=255) cTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑cccc < 1:778415/90‑1 (MQ=255) tCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑ccccc < 1:2344381/90‑1 (MQ=255) aTGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑ccccccct > 2:1897399/1‑88 (MQ=255) tGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑cccccccta < 2:753800/90‑4 (MQ=255) gTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑ccccccctat > 1:129226/1‑86 (MQ=255) gTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑ccccccctat < 2:2712528/90‑5 (MQ=255) tcgcttcgctTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGTAA‑TCCCCCCCTATCg < 2:748856/90‑1 (MQ=255) tcgcttcgctTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCg > 1:237862/1‑90 (MQ=255) cttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTc > 1:393683/1‑90 (MQ=255) cttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAACTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTc < 1:733577/90‑1 (MQ=255) ttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCa < 1:1180367/90‑1 (MQ=255) ttcgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCa < 1:3163703/90‑1 (MQ=255) cgcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAgg > 1:1976466/1‑90 (MQ=255) gcttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGt > 1:906431/1‑90 (MQ=255) cttTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTa < 2:534956/90‑1 (MQ=255) ttttGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTAc > 1:2873050/1‑90 (MQ=255) ttGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTg < 2:982038/90‑1 (MQ=255) tGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTgg < 2:913580/90‑1 (MQ=255) gTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgt < 2:3334268/90‑1 (MQ=255) gTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgt > 2:1165730/1‑90 (MQ=255) gTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgt > 2:607765/1‑90 (MQ=255) tCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgtg < 2:1500492/90‑1 (MQ=255) tCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGgtg < 2:3150143/90‑1 (MQ=255) tGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGtt < 1:1988772/90‑1 (MQ=255) ggggATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGttt < 2:1048007/90‑1 (MQ=255) ggggATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGttt > 2:638108/1‑90 (MQ=255) ggATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAAGC‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTaa < 2:3268441/90‑1 (MQ=255) gATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAAt < 1:506918/90‑1 (MQ=255) gATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAAt < 2:1005377/90‑1 (MQ=255) gATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAAt < 2:1742911/90‑1 (MQ=255) aTTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATg < 1:2759127/90‑1 (MQ=255) aTTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATg > 2:1431768/1‑90 (MQ=255) ttGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATgg < 2:1011279/90‑1 (MQ=255) tGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGc > 1:2888446/1‑90 (MQ=255) tGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGc < 2:2252253/90‑1 (MQ=255) cTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCtt > 2:252721/1‑90 (MQ=255) tGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTc < 1:899555/90‑1 (MQ=255) ggCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAACC‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCt < 1:1763473/90‑1 (MQ=255) ggCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCt < 2:2210553/90‑1 (MQ=255) ggCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCt < 1:1074779/90‑1 (MQ=255) gCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTa > 2:1173946/1‑90 (MQ=255) ccTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTAc < 1:1925097/90‑1 (MQ=255) ccTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTAc > 2:360567/1‑90 (MQ=255) cTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACg > 1:320573/1‑90 (MQ=255) ttGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGaa > 1:1750956/1‑90 (MQ=255) tGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAg > 2:2589116/1‑90 (MQ=255) tGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAg < 2:3267598/90‑1 (MQ=255) gcgcTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGc > 2:590960/1‑90 (MQ=255) cgcTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCg > 1:1054109/1‑90 (MQ=255) cgcTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCAGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTAGTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCg > 1:320035/1‑90 (MQ=255) gcTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGt > 1:1503890/1‑90 (MQ=255) gcTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAACGt > 2:383856/1‑90 (MQ=255) cTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGtt < 1:1531069/90‑1 (MQ=255) cTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGtt > 1:3385729/1‑90 (MQ=255) tAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAACC‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgc < 1:1801313/90‑1 (MQ=255) tAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgc < 1:1291575/90‑1 (MQ=255) aaTTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgct < 1:850921/90‑1 (MQ=255) aaTTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgct > 2:1642075/1‑90 (MQ=255) aTTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctg < 1:1618531/90‑1 (MQ=255) ttACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctgg > 1:641782/1‑90 (MQ=255) ttACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctgg < 1:460762/90‑1 (MQ=255) aCATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtg < 2:578926/90‑1 (MQ=255) aCATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtg < 2:645403/90‑1 (MQ=255) cATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGCAGCGTtgctggtgc > 1:2237496/1‑90 (MQ=255) aTCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct > 2:1206152/1‑90 (MQ=255) aTCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct > 1:838548/1‑90 (MQ=255) aTCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct > 2:1479978/1‑90 (MQ=255) aTCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgct < 1:3196906/90‑1 (MQ=255) tCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgctg < 2:1010077/90‑1 (MQ=255) cccGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTtgctggtgctgg < 2:2247514/90‑1 (MQ=255) cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCg > 2:689413/1‑90 (MQ=255) cGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCg > 1:657312/1‑90 (MQ=255) gAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCgg < 1:1453783/90‑1 (MQ=255) gAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCgg < 1:1724653/90‑1 (MQ=255) gAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGATTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGcag > 2:1933608/1‑88 (MQ=255) aaTATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCggg > 1:3001122/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCggg > 1:709194/1‑90 (MQ=255) 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gcgGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCt < 2:2949771/90‑1 (MQ=255) gcgGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCt < 2:910956/90‑1 (MQ=255) gcgGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCt < 1:1165311/90‑1 (MQ=255) cgGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTg < 1:2940423/90‑1 (MQ=255) cgGCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTCTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGGGATCTGCTGATTTATCTg > 2:167794/1‑90 (MQ=255) gCAA‑TCCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATTGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTAGCGGGATATCTGCTGATTAATCTggg > 1:1177385/1‑89 (MQ=255) | GCACTCGATGTTCGCTTCGCTTTTGTCTGGGGATTGCTGGCCTTTGCGCTTAATTACATCCCGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAA‑T‑CCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGT > AC_000091/1676275‑1676447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |