New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AC_000091 | = 1301040 | 0 (0.000) | 99 (1.090) +TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA |
68/122 | 0.1 | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
? | AC_000091 | = 4311564 | NA (NA) | coding (914/1029 nt) | alsK | D‑allose kinase |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAAC > AC_000091/1300951‑1301127 | aGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTa > 1:1272769/1‑90 (MQ=255) aGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTa > 1:157408/1‑90 (MQ=255) ggATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAt > 2:1042669‑M1/1‑89 (MQ=255) tttCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaa < 2:3278524‑M1/90‑5 (MQ=255) tttCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaa > 2:3334939‑M1/1‑86 (MQ=255) ttCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCGTAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaat > 2:468678‑M1/1‑85 (MQ=255) tCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaatt > 2:2368791‑M1/1‑84 (MQ=255) tCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaatt > 2:860717‑M1/1‑84 (MQ=255) ctcaactgCTGCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattcc < 2:2313794‑M1/87‑9 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattcc < 1:992505‑M1/90‑9 (MQ=255) tAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccac > 2:1712262‑M1/1‑80 (MQ=255) aaCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccact < 1:583429‑M1/90‑12 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactg > 1:920570‑M1/1‑78 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactg < 2:607153‑M1/90‑13 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgc > 1:2912124‑M1/1‑77 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcc < 1:1388399‑M1/90‑15 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcc > 1:410275‑M1/1‑76 (MQ=255) gCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcct > 2:2411469‑M1/1‑75 (MQ=255) cTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctt < 1:645592‑M1/90‑17 (MQ=255) ttCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgccttt > 1:980350‑M1/1‑73 (MQ=255) ttCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgccttt < 2:2559016‑M1/90‑18 (MQ=255) tctcCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttg < 2:2246163‑M1/90‑19 (MQ=255) tcctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggt > 2:1613199‑M1/1‑70 (MQ=255) tcctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggt > 2:1821727‑M1/1‑70 (MQ=255) cctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggta > 1:1411939‑M1/1‑69 (MQ=255) cctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggta > 1:3410075‑M1/1‑69 (MQ=255) ctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtag < 1:1743556‑M1/90‑23 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtaga > 2:780218‑M1/1‑67 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtaga > 1:1914425‑M1/1‑67 (MQ=255) cACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagag < 1:1525609‑M1/90‑25 (MQ=255) cACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagag > 1:1079645‑M1/1‑66 (MQ=255) ccATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagagga > 1:123598‑M1/1‑64 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaa > 1:2577238‑M1/1‑62 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaa > 1:1351521‑M1/1‑62 (MQ=255) catGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagt > 1:3181116‑M1/1‑60 (MQ=255) catGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagt > 2:681307‑M1/1‑60 (MQ=255) ttATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgcta > 1:3355007‑M1/1‑56 (MQ=255) ttATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgcta < 2:2163560‑M1/90‑35 (MQ=255) ttATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgcta > 2:3404762‑M1/1‑56 (MQ=255) tATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaa < 2:1991871‑M1/90‑36 (MQ=255) aTTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaag < 2:3824‑M1/90‑37 (MQ=255) ttttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaagg > 2:3201843‑M1/1‑53 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaagga > 1:2400313‑M1/1‑52 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaagga > 1:546100‑M1/1‑52 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaagga < 1:1816786‑M1/90‑39 (MQ=255) tttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaagga > 2:187994‑M1/1‑52 (MQ=255) ttCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaa > 1:3208283‑M1/1‑51 (MQ=255) tCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaag < 1:2966085‑M1/90‑41 (MQ=255) gCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggt < 2:3216465‑M1/90‑43 (MQ=255) gCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggt > 2:1488498‑M1/1‑48 (MQ=255) ccACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtg > 1:2593135‑M1/1‑47 (MQ=255) ccACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtg > 2:3014202‑M1/1‑47 (MQ=255) cacaTCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgc < 2:420876‑M1/90‑45 (MQ=255) acaTCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcg < 1:2529541‑M1/90‑46 (MQ=255) acaTCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcg < 1:669322‑M1/90‑46 (MQ=255) catcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcga > 2:2910883‑M1/1‑44 (MQ=255) atcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaa > 1:2980736‑M1/1‑43 (MQ=255) atcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaa < 1:2878921‑M1/90‑48 (MQ=255) tcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaat > 1:1349612‑M1/1‑42 (MQ=255) catAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaata > 1:1536266‑M1/1‑41 (MQ=255) catAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaata > 2:3454868‑M1/1‑41 (MQ=255) atAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataa > 2:2757667‑M1/1‑40 (MQ=255) tAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagggctaaggaaggtgcgaataag > 1:2310936‑M1/1‑39 (MQ=255) aTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcg < 1:3392808‑M1/90‑54 (MQ=255) aTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcg > 2:2594095‑M1/1‑37 (MQ=255) aTCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggcgcgaataagcg < 1:2716610‑M1/90‑54 (MQ=255) cTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcgggg < 2:2747511‑M1/90‑57 (MQ=255) gggCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaa > 1:2009221‑M1/1‑32 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaat > 1:2085952‑M1/1‑30 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaat > 2:176491‑M1/1‑30 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattc > 1:1009779‑M1/1‑28 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattc < 2:1064159‑M1/90‑63 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcgggaaaattcttct > 2:404627‑M1/1‑24 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctc < 1:2789321‑M1/90‑68 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctc < 2:2713005‑M1/90‑68 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctc < 2:2822883‑M1/90‑68 (MQ=255) aagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcg > 2:2515381‑M1/1‑22 (MQ=255) aagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcg < 2:2239378‑M1/90‑69 (MQ=255) aagaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcg < 1:1745562‑M1/90‑69 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcgg < 1:2388918‑M1/90‑70 (MQ=255) agaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttgggagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcgg > 2:3287394‑M1/1‑21 (MQ=255) gaaTTATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggc < 2:912091‑M1/90‑71 (MQ=255) gaaTAATTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggc > 2:1356131‑M1/1‑20 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggct > 1:1399171‑M1/1‑19 (MQ=255) ataatTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctg < 1:1605651‑M1/90‑73 (MQ=255) aatTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgac < 1:913092‑M1/90‑75 (MQ=255) atTGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgact > 1:1938530‑M1/1‑15 (MQ=255) tGAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagggctaaggaaggagcgaataagcggggaaattcttctcggctgactca > 1:1405909‑M1/1‑13 (MQ=255) gAAATGATATTAttaattccgctgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcag > 2:2883402‑M1/1‑12 (MQ=255) gAAATGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcag > 2:1959015‑M1/1‑12 (MQ=255) aaTGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtc < 2:546556‑M1/90‑81 (MQ=255) tGATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcat < 2:145661‑M1/90‑83 (MQ=255) tGATATTAttaattccactgcctttggaagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcat > 2:614429‑M1/1‑8 (MQ=255) gATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatt > 2:470079‑M1/1‑7 (MQ=255) gATATTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatt > 2:1848616‑M1/1‑7 (MQ=255) atatTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcattt < 2:2435340‑M1/90‑85 (MQ=255) atatTAttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcattt < 2:3121985‑M1/90‑85 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttca < 2:544536‑M1/90‑87 (MQ=255) attattaattacactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttca > 2:2023146‑M1/1‑4 (MQ=255) ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcat < 2:675686‑M1/90‑88 (MQ=255) | AGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAAC > AC_000091/1300951‑1301127 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |