New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AC_000091 | 1302408 = | 0 (0.000) | 112 (0.840) | 75/178 | 1.0 | 100% | intergenic (+50/‑488) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit |
? | AC_000091 | 1397758 = | NA (NA) | intergenic (‑122/‑32) | ynaI/insH | conserved inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTG > AC_000091/1302319‑1302497 | gaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccc > 2:1604031‑M1/90‑90 (MQ=255) aaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCt < 1:1116645‑M1/2‑1 (MQ=255) aggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTa > 2:2248142‑M1/88‑90 (MQ=255) ggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTaa < 1:2561141‑M1/4‑1 (MQ=255) ggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTaa > 2:3067362‑M1/87‑90 (MQ=255) ggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTaa > 1:3362205‑M1/87‑90 (MQ=255) gtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTaaa > 1:1731088‑M1/86‑90 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgccccttccCTAaat > 1:2359361‑M1/85‑90 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaat < 1:3145816‑M1/6‑1 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaat < 2:1367693‑M1/6‑1 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaat > 1:2432618‑M1/85‑90 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaat < 1:2948425‑M1/6‑1 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaat > 1:2983698‑M1/85‑90 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataa > 2:347955‑M1/83‑90 (MQ=255) agttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataa > 1:1452779‑M1/83‑90 (MQ=255) ttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAaataata > 1:1164746‑M1/81‑90 (MQ=255) atgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATc > 2:3199997‑M1/78‑90 (MQ=255) atgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATc < 1:2396110‑M1/13‑1 (MQ=255) atgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATc > 1:2215489‑M1/78‑90 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCaa > 2:782372‑M1/76‑90 (MQ=255) actcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAt < 2:533466‑M1/16‑1 (MQ=255) actcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAt < 1:3096901‑M1/16‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAtt < 2:206777‑M1/17‑1 (MQ=255) ctcatgatgaaccctgttctatggctcaagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAAtt > 2:1931261‑M1/74‑90 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTg < 2:1152562‑M1/18‑1 (MQ=255) catgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGt > 2:1048671‑M1/72‑90 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTa > 1:1392431‑M1/70‑90 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaa < 2:2563835‑M1/22‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaa > 1:1871706‑M1/69‑90 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa > 1:2834314‑M1/68‑90 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa < 1:764552‑M1/23‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa < 2:377339‑M1/23‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTaaa < 1:1119013‑M1/23‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:3162805‑M1/25‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAatta < 2:370429‑M1/26‑1 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAatta > 1:1284948‑M1/65‑90 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAattatt < 1:2748658‑M1/28‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAattatt > 2:2240265‑M1/63‑90 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATtg < 2:2337933‑M1/29‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATtg < 1:2062782‑M1/29‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 2:1357285‑M1/30‑1 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg < 1:2589871‑M1/31‑1 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg > 2:473219‑M1/60‑90 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 2:3137450‑M1/35‑1 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 2:1737635‑M1/37‑1 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 2:1572975‑M1/37‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:1061355‑M1/53‑90 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac < 1:630355‑M1/39‑1 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:2933721‑M1/51‑90 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:2238966‑M1/51‑90 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 2:3259959‑M1/40‑1 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 1:1554905‑M1/40‑1 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 2:923662‑M1/49‑90 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGGGCATTTCactac > 2:3038602‑M1/49‑90 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg < 2:1172726‑M1/44‑1 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 1:2856102‑M1/47‑90 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 2:446110‑M1/46‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 2:517554‑M1/44‑90 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa < 2:2342522‑M1/47‑1 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:1419923‑M1/48‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 2:1475274‑M1/51‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 2:1736538‑M1/51‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa < 2:2136708‑M1/52‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa < 1:3349127‑M1/52‑1 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 1:2984494‑M1/53‑1 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt < 2:3278786‑M1/54‑1 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 2:354195‑M1/37‑90 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:1514676‑M1/36‑90 (MQ=255) catgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:1856865‑M1/36‑90 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCa > 1:293835‑M1/35‑90 (MQ=255) tgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg < 2:91961‑M1/57‑1 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:100858‑M1/33‑90 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 2:1652398‑M1/33‑90 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa < 2:2074254‑M1/59‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 2:3128576‑M1/31‑90 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa > 2:746963‑M1/26‑90 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 1:2870726‑M1/25‑90 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 1:1459150‑M1/25‑90 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg > 1:3290210‑M1/25‑90 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg > 1:3051923‑M1/20‑90 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc < 1:2228998‑M1/72‑1 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 1:1818688‑M1/19‑90 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 2:611674‑M1/16‑90 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 1:1478327‑M1/16‑90 (MQ=255) tgttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg < 1:596763‑M1/76‑1 (MQ=255) gttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGGATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 2:2504734‑M1/77‑1 (MQ=255) gttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 1:2829705‑M1/77‑1 (MQ=255) ttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc > 2:2111394‑M1/13‑90 (MQ=255) ttcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc < 1:554751‑M1/78‑1 (MQ=255) tcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCa < 1:1988509‑M1/79‑1 (MQ=255) tcgcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCa < 2:409333‑M1/79‑1 (MQ=255) gcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt > 1:2923353‑M1/10‑90 (MQ=255) gcaccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAt > 2:1610051‑M1/10‑90 (MQ=255) caccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtc > 2:1183196‑M1/9‑90 (MQ=255) accttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtct < 1:1098672‑M1/83‑1 (MQ=255) ccttccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtctc < 2:2509044‑M1/84‑1 (MQ=255) ccCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAtt < 1:2842049‑M1/88‑1 (MQ=255) cCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt < 1:1149374‑M1/89‑1 (MQ=255) cTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg < 1:2014520/90‑1 (MQ=255) cTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttg > 1:213411/1‑90 (MQ=255) | TTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTG > AC_000091/1302319‑1302497 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |