| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 2,354,291 | 0 | A | C | 28.4% | 250.7 / 29.2 | 109 | intergenic (‑149/‑66) | inaA/yfaH | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/8); new base C (0/31); total (70/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTTAATGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAATTTAATCAGGCGGATACAGCGATGAATTTTATTCGACAGGGATT > AC_000091/2354203‑2354379 | cTTAATGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTccac > 1:246706/1‑90 (MQ=255) ttAATGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTccacc < 1:2083681/90‑1 (MQ=255) tAATGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCCTTTGCAGCGCATAGATTccacca < 2:1448197/90‑1 (MQ=255) tAATGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTccacca > 2:1305137/1‑90 (MQ=255) aaTGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAg > 2:1627474/1‑90 (MQ=255) aaTGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAg < 2:1287619/90‑1 (MQ=255) aaTGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAg > 2:407518/1‑90 (MQ=255) aaTGAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAg < 1:3143589/90‑1 (MQ=255) gAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGcca < 1:611668/90‑1 (MQ=255) gAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGcca > 1:2807634/1‑90 (MQ=255) gAAACGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGcca > 1:2615768/1‑90 (MQ=255) aaaCGTGTCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccac > 1:3041528/1‑90 (MQ=255) aCGTGTCGTATTAATGAATTTATTTTGCCACTACTAGCTTGACCCCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccacta < 2:428302/90‑1 (MQ=255) gtgtCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccactacc > 2:2158469/1‑90 (MQ=255) tgtCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccactacca > 2:1946359/1‑90 (MQ=255) gtCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccactaccac < 1:473456/90‑1 (MQ=255) gtCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCCCCAGccactaccac < 2:834348/90‑1 (MQ=255) tCGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGccactaccact > 1:424200/1‑90 (MQ=255) cGTATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCCCCAGccactaccacta < 2:2861182/90‑1 (MQ=255) tATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCCCCAGCCACTACCACTAAt < 1:2597247/90‑1 (MQ=255) tATTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCCCCAGCCACTACCACTAAt < 2:1549702/90‑1 (MQ=255) aTTAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATa > 2:1870732/1‑90 (MQ=255) ttAATGAATTTCTTTTGCCACTACTAGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAg > 2:1252639/1‑90 (MQ=255) 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ctaGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGa > 1:918064/1‑90 (MQ=255) ctaGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGa > 1:2510027/1‑90 (MQ=255) taGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGaa > 1:321469/1‑90 (MQ=255) aGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAAt > 1:1890071/1‑90 (MQ=255) aGCTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAAt > 2:678297/1‑90 (MQ=255) gCTTGCCCCCGCTTTTCCCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCCCCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAAtt < 1:2179552/90‑1 (MQ=255) cTTGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATGGATTCCCCCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAAttt < 2:1344548/90‑1 (MQ=255) ttGACACCGCTTTTACCCTTCATTTGCAGCGCATAGATTCCACCAGCCACTACCACTAATAGTGCGCCCAGCAGATAAAATGTGAATTTa > 1:1139690/1‑90 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |