| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 2,817,030 | 0 | G | C | 27.4% | 148.8 / 37.9 | 62 | intergenic (‑100/+99) | argY/argV | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/36); new base C (16/1); total (25/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTA > AC_000091/2816942‑2817119 | tactttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGc > 2:1235330/1‑90 (MQ=255) actttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑cccc > 2:1830836/1‑90 (MQ=255) actttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGcc > 2:262118/1‑90 (MQ=255) ctttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Ccccc > 1:107841/1‑90 (MQ=255) ctttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Ccccc > 1:2223363/1‑90 (MQ=255) tttactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Cccccc > 2:2600673/1‑89 (MQ=255) ttctGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTc < 2:626176/88‑1 (MQ=255) tactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Cccccccc > 1:692978/1‑87 (MQ=255) tactGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTc > 2:131700/1‑90 (MQ=255) actGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Ccccccccc > 1:1945832/1‑86 (MQ=255) actGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGccccccg > 2:1286054/1‑86 (MQ=255) ctGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCTTCgg > 2:143058/1‑90 (MQ=255) tGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCTTcccg > 2:863749/1‑87 (MQ=255) tGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCcgg > 1:2548945/1‑90 (MQ=17) gCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCCTCgggg > 2:2860577/1‑89 (MQ=255) gCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCCCgggg > 2:1324815/1‑89 (MQ=17) cAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCCTCggggc > 2:1053420/1‑88 (MQ=255) cAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGcg > 1:2314721/1‑89 (MQ=255) aGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGCCg > 1:740623/1‑90 (MQ=255) atacttttATTCCGCTACTAAAGCAGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGtt < 2:2281972/86‑1 (MQ=14) aTTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCggt > 1:1602619/1‑88 (MQ=14) ttttttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTg < 1:2358300/90‑1 (MQ=255) ttttttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGCCGGTg > 1:1252067/1‑90 (MQ=14) tttttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCCTCGGGGCGGTGc > 1:132867/1‑90 (MQ=14) ttttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCt < 2:285244/90‑1 (MQ=40) tttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGGCGTTGGTa > 2:2363829/1‑90 (MQ=14) ttGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGCCGGTGCTaa > 2:1088336/1‑90 (MQ=14) tGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCTTCCGGCCGTGGCTtaa > 2:2200757/1‑90 (MQ=14) tGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCGGTGCTcaa > 2:175824/1‑90 (MQ=14) aTACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGCTGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGc < 2:3440812/90‑1 (MQ=255) aTACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGGGGGTGCTGAAga > 2:2992899/1‑89 (MQ=14) tACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCAtt < 1:732055/72‑1 (MQ=255) aCCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCCCCCCTCCGGGCGGTGGTTAAGGCa > 2:154020/1‑90 (MQ=14) ccGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAAc < 1:2485867/90‑1 (MQ=38) cGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CACCCTCCCGGCCGCTGCTGAAACAACg > 2:1259975/1‑90 (MQ=11) gCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCgg < 2:2415772/71‑1 (MQ=39) gCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCCTCCGGCCCGTGCTTAAGaaaagc > 1:2579741/1‑87 (MQ=14) gCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCGTTGCTCAAGCAACgg > 1:182551/1‑89 (MQ=14) ctactaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGCCGGTGCTCAAACAACAtt > 2:591326/1‑90 (MQ=11) tactaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCg < 2:1960511/68‑1 (MQ=40) tactaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCCTCGGGGGGGTGCTAAAGCAACgctg > 1:655393/1‑87 (MQ=14) tactaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCGGGCCGCTGCTAAAACAACATTa > 2:804099/1‑90 (MQ=11) actaAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCGGGGCTTAAACAAAGTTAt > 2:1728266/1‑90 (MQ=14) taAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTAtcc < 1:366476/90‑1 (MQ=39) aatgCCGTATCAGGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGTTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTAtcct < 2:3149345/87‑1 (MQ=14) ccGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCt < 1:2974844/90‑1 (MQ=255) cGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCCCCGGCCGCTGGTTAAGCAACGTTTTTCTccccc > 1:2608854/1‑88 (MQ=14) gTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGCCGGTGCTATACCAACGTTATCCCCCCtcg > 1:3311196/1‑88 (MQ=14) tATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑Cg < 2:1283063/50‑1 (MQ=38) tATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGCCGCTGCCAAAGAAACGGTATTCTCCCCggc > 1:869580/1‑89 (MQ=11) aGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCGGTGGTTAAACAACGCTATTCTCCCCCGTGcccg > 2:94561/1‑88 (MQ=2) aGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGCCGGCGCTAAAACAACGTTATCCTCCCCCGTGcccc > 1:2239428/1‑88 (MQ=11) ttAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCCCCGGCCGGTGCTTAAACAACGTTTTTCTCCCCCGTGCCCGc > 2:2835502/2‑90 (MQ=2) tAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CCCCCCTCCGGGCGGTGCTAAAACAACAGTATTCTCCCCCGTGCCTGCg > 1:1423701/1‑90 (MQ=11) aaGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCgg < 1:2835502/90‑1 (MQ=39) aaGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCgg < 1:153386/90‑1 (MQ=38) ggTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTAc < 1:1853240/90‑1 (MQ=255) tCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCAc < 1:589430/90‑1 (MQ=255) ccGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCAcc < 1:554096/90‑1 (MQ=255) cGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACct < 1:1318323/90‑1 (MQ=255) cGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACct < 1:3155645/90‑1 (MQ=255) gggAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACctc < 1:2727928/90‑1 (MQ=255) aggaTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTc < 2:2163739/90‑1 (MQ=255) ggaTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTcc < 2:730558/90‑1 (MQ=255) gaTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCa < 1:1598610/90‑1 (MQ=255) aTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCAt < 1:997140/90‑1 (MQ=255) aTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCAt < 1:678823/90‑1 (MQ=255) aTTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCAt < 1:352162/90‑1 (MQ=255) ttACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATa < 1:1353803/90‑1 (MQ=255) tACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATAc < 2:260275/90‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTc < 2:3344694/90‑1 (MQ=255) gCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCa < 2:2514706/90‑1 (MQ=255) gCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCa < 2:573293/90‑1 (MQ=255) gCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCt < 1:1726653/90‑1 (MQ=255) cGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTg < 1:2665480/90‑1 (MQ=255) ggCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCAGCTCTTCCATACCTTCATCGCTGa > 2:3252650/1‑90 (MQ=255) ggCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGa < 2:1319092/90‑1 (MQ=255) gCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGaa < 2:3035464/90‑1 (MQ=255) cT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGaaa > 2:595066/1‑90 (MQ=255) cT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGaaa > 1:2688768/1‑90 (MQ=255) t‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAg < 2:1077159/90‑1 (MQ=255) t‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAg < 1:1901299/90‑1 (MQ=255) t‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAg > 2:1324158/1‑90 (MQ=255) cGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGt > 1:1334646/1‑90 (MQ=255) gCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTa > 1:403804/1‑90 (MQ=255) | TACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCT‑CGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTA > AC_000091/2816942‑2817119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |