Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AC_000091 | 3,543,547 | 0 | A | C | 38.5% | 188.8 / 35.9 | 104 | Y102S (TAC→TCC) | yiiL | L‑rhamnose mutarotase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/8); new base C (0/40); total (56/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTGCCAACGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCTGCCGTAATTGCCCAATGTGCCAGAGATGCCTCCGGCACAATATTTTAAATTTCGATTTGAAAAATTAAACATATTACATCTCCCG > AC_000091/3543458‑3543635 | ttGCCAACGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTa < 2:2779638/90‑1 (MQ=255) tGCCAACGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTAc < 1:2379534/90‑1 (MQ=255) ccAACGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCt < 1:253801/90‑1 (MQ=255) ccAACGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCt > 1:1325043/1‑90 (MQ=255) cagcGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCTg < 1:793848/87‑1 (MQ=255) aaCGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCTGc > 2:387751/1‑90 (MQ=255) aCGTTGGTGGAAATATATGACCGATGTTATGCCCGCTAACCCGGATAACAGCCCGGTGAGTAGCGAGCTGCAAGAAGTGTTTTACCTGcc < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |