| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 4,076,934 | 0 | A | C | 27.5% | 339.2 / 33.8 | 150 | V490G (GTG→GGG) | glpD | sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, aerobic, FAD/NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/14); new base C (0/41); total (94/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TGTCATCAGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGTCGTCGGCGCGG > AC_000091/4076845‑4077020 | tGTCATCAGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTcca > 1:6263/1‑90 (MQ=255) gTCATCAGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTccac < 1:567408/90‑1 (MQ=255) gTCATCAGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTccac > 2:1986244/1‑90 (MQ=255) tcatcaGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTccacc < 1:483345/90‑1 (MQ=255) tcatcaGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTccacc > 1:2795456/1‑90 (MQ=255) atcaGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAg > 1:78212/1‑90 (MQ=255) atcaGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAg < 1:447482/90‑1 (MQ=255) tcaGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGc > 2:2504810/1‑90 (MQ=255) aGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACNTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCa < 2:2978018/90‑1 (MQ=255) gTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCAc > 1:2951334/1‑90 (MQ=255) ctcAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTg < 2:984065/90‑1 (MQ=255) tcAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCCCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGa < 1:2261194/90‑1 (MQ=255) cAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGAc > 1:1579849/1‑90 (MQ=255) aGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACt < 2:272797/90‑1 (MQ=255) aGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACt > 1:3463251/1‑90 (MQ=255) gCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTca > 1:3078992/1‑90 (MQ=255) gCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTca < 1:2325961/90‑1 (MQ=255) ccAGATTGAAATCTGACCTGATCCCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTcac < 2:735773/90‑1 (MQ=255) ccAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTcac > 2:156205/1‑90 (MQ=255) aGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTAAGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCGACCAGCGACTGACTCagac > 2:1153081/1‑90 (MQ=255) gATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACg < 2:3383211/90‑1 (MQ=255) gATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACg > 1:1673290/1‑90 (MQ=255) ttGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACgag > 1:1503271/1‑90 (MQ=255) tGAAATCTGACCTGATCCCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACgaga < 1:1584198/90‑1 (MQ=255) tGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACgaga > 2:288920/1‑90 (MQ=255) gAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAt > 1:2479150/1‑90 (MQ=255) gAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAt > 1:3313658/1‑90 (MQ=255) aaaTCTGACCTGATCCCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATCCCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGAtt < 2:3411789/90‑1 (MQ=255) aaaTCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAtt > 2:2343947/1‑90 (MQ=255) aaTCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAttg > 1:899619/1‑90 (MQ=255) aTCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAttgt > 2:1296054/1‑90 (MQ=255) cTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAttgttg > 2:324277/1‑90 (MQ=255) cTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGAttgttg > 2:276198/1‑90 (MQ=255) gACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGAt < 2:1476050/90‑1 (MQ=255) ccTGATCCCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATcc < 1:3427552/90‑1 (MQ=255) ccTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATcc > 1:962912/1‑90 (MQ=255) ccTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATcc > 2:3070955/1‑90 (MQ=255) cTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCg > 1:1782180/1‑90 (MQ=255) tCACCTTACTTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCGGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCAtt < 2:632937/90‑1 (MQ=255) tCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCAtt > 1:1538215/1‑90 (MQ=255) tCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCAtt > 1:2146491/1‑90 (MQ=255) cACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCGGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCAttt < 2:1190451/90‑1 (MQ=255) aCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTa > 1:146748/1‑90 (MQ=255) aCCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTa > 2:1616004/1‑90 (MQ=255) ccTTACGTTAATTTACGCCGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAg < 2:1918409/90‑1 (MQ=255) ccTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAg < 1:1028939/90‑1 (MQ=255) ccTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAg < 2:3098354/90‑1 (MQ=255) tACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCca > 2:1126377/1‑90 (MQ=255) aCGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCcac > 2:1579277/1‑90 (MQ=255) cGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCcaca > 2:1256777/1‑90 (MQ=255) cGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCcaca > 1:2774844/1‑90 (MQ=255) cGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCcaca > 1:2965642/1‑90 (MQ=255) tttAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACAt < 2:1983641/89‑1 (MQ=255) gTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACAt > 2:1498738/1‑90 (MQ=255) ttAATTTACGACGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATg < 1:207671/90‑1 (MQ=255) aTTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCt > 1:3436592/1‑90 (MQ=255) tttACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCtt > 2:2574763/1‑90 (MQ=255) tttACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCtt > 2:785759/1‑90 (MQ=255) ttACGACGCGAGGGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTg > 2:2463026/1‑90 (MQ=255) ttACGACGCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATCCCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTg < 2:1375044/90‑1 (MQ=255) tACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGt > 1:1644/1‑90 (MQ=255) tACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGt > 1:1354304/1‑90 (MQ=255) aacggcgCCAGAGACATCCTTTCCGGCGTATTCACCTCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGt < 1:1738891/89‑1 (MQ=255) cgacgCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGttt > 2:1803311/1‑90 (MQ=255) gacgCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGtttt > 2:2201853/1‑90 (MQ=255) acgCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtg < 2:940904/90‑1 (MQ=255) acgCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtg < 1:324162/90‑1 (MQ=255) cgCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATACCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtgt < 2:2888356/90‑1 (MQ=255) gCCAGCGATACCCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtgtg < 2:381213/90‑1 (MQ=255) gCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtgtg < 1:3313918/90‑1 (MQ=255) cccAGCGATAACCCCTGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTtgtg < 2:2462862/89‑1 (MQ=255) cAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCg > 2:1396904/1‑90 (MQ=255) aGCGATACCCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGa < 1:904548/90‑1 (MQ=255) aGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGa > 2:405238/1‑90 (MQ=255) cGATACCCTCTGCTGCGTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACg < 1:3184039/90‑1 (MQ=255) cGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACg > 1:1239710/1‑90 (MQ=255) gATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGc > 2:2039731/1‑90 (MQ=255) aTAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGcc > 2:101450/1‑90 (MQ=255) aTAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGcc > 1:1772758/1‑90 (MQ=255) 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ctctGCTGCGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAgg < 2:84980/90‑1 (MQ=255) tctGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAggg > 1:1147386/1‑90 (MQ=255) tcggctgcGTATACTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAggg < 2:1873337/87‑1 (MQ=255) tgctgcGTATCCTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGcg < 2:521522/90‑1 (MQ=255) tgctgcGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGcg > 2:633713/1‑90 (MQ=255) gctgctTATCCTCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGcgt < 2:2728743/90‑1 (MQ=255) ctgcGTATCCCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGcgtc < 1:334419/90‑1 (MQ=255) cGTATCCCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCgtcgtc < 2:1341398/90‑1 (MQ=255) cGTATCCCCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCgtcgtc < 1:1785691/90‑1 (MQ=255) gTATCCCCCCCCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGtcgtcg < 1:1501529/90‑1 (MQ=255) tataCTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGTCGTcgg > 2:1752264/1‑90 (MQ=255) ataCTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGTCGTcggc > 2:2138191/1‑90 (MQ=255) cTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGTCGTcggcgcg > 1:2692176/1‑90 (MQ=255) | TGTCATCAGTCTCAGGCCAGATTGAAATCTGACCTGATCACCTTACGTTAATTTACGACGCCAGCGATAACCTCTGCTGCGTATACTCCACCAGCCACTGACTCACACGAGATTGTTGATCCGCATTTAGCCACATGCCTTGTTTTGTGCGACGCCACAGGGCGTCGTCGGCGCGG > AC_000091/4076845‑4077020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |