| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 4,419,586 | 0 | T | G | 26.9% | 228.1 / 23.3 | 108 | V211G (GTG→GGG) | aidB | isovaleryl CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/61); new base G (29/0); total (47/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CATGGGAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTGGCGCAGACCGCGGGTGGTCTGTCCTGCTTTTTTGT > AC_000091/4419497‑4419673 | cATGGGAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCtggt < 1:1379495/90‑1 (MQ=255) tGGGAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCTGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCtggtgg < 2:1522398/90‑1 (MQ=255) tGGGAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCtggtgg < 2:3295432/90‑1 (MQ=255) gggAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTgggggg > 2:2226368/1‑90 (MQ=255) ggAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTgggg < 2:3332048/90‑1 (MQ=255) gAATGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGc < 1:855805/90‑1 (MQ=255) aaTGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCa < 1:3000386/90‑1 (MQ=255) tGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGggggggggta > 2:2244424/1‑86 (MQ=255) tGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATa > 2:1749413/1‑90 (MQ=255) tGACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATa > 2:1299289/1‑90 (MQ=255) gACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGGATaa > 2:744037/1‑90 (MQ=255) gACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATaa < 2:1707817/90‑1 (MQ=255) gACGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATaa > 1:192184/1‑90 (MQ=255) aCGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATaaa < 2:7375/90‑1 (MQ=255) cGGAAAAGCAGGGCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAAt < 1:1854857/90‑1 (MQ=255) 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gggCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCCCCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTtctc < 1:958369/90‑1 (MQ=255) ggCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCg < 1:2614062/90‑1 (MQ=255) gCGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATAAATGGGTTTTTTCgg > 1:3299157/1‑90 (MQ=255) cGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGt < 2:852551/90‑1 (MQ=255) cGGTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATAAATGGTTTTTTTCGGt > 1:1455644/1‑90 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGtt > 1:598055/1‑90 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGtt < 2:1568217/90‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATAAATGGTTTTTTTCGGtt > 2:2544879/1‑90 (MQ=255) ggTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATAAATGGTTTTTTTCGGtt > 2:3077785/1‑90 (MQ=255) gTTCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGGAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGGTTTTCTCGGGTc > 2:1277516/1‑90 (MQ=255) ttCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTcc < 2:460758/90‑1 (MQ=255) ttCCGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTcc < 2:962517/90‑1 (MQ=255) cGATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCa < 2:2036654/90‑1 (MQ=255) gATGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCaa < 2:685551/90‑1 (MQ=255) aTGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCcaa > 2:2032891/1‑90 (MQ=255) aTGTTATGAGCAACACCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATAAATGGGTTTTCTCGGTTCCGCcaa > 2:3333000/1‑90 (MQ=255) 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acacCACCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATAAATGGGTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATc > 1:1874038/1‑90 (MQ=255) caccacCCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGGATAAATGGGTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCt > 2:426524/1‑90 (MQ=255) accaccCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTg < 2:12963/90‑1 (MQ=255) accCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTg < 1:293671/90‑1 (MQ=255) accCGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTg < 2:1212550/90‑1 (MQ=255) cccGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGc < 2:2051368/90‑1 (MQ=255) ccGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGGGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCt > 1:833420/1‑90 (MQ=255) cGTGCAGAGCGTCTGGAAGATGGCTCTTATCGGCTGGTGGGGCATAAATGGTTTTTCTCGGTTCCGCAAAGCGATGCGCATCTGGTGCTg < 2:2111869/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |