| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AC_000091 | 4,642,006 | G→A | A211T (GCC→ACC) | creC → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CreB or PhoB, regulator of the CreBC regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 4,642,006 | 0 | G | A | 99.0% | 377.8 / ‑5.1 | 103 | A211T (GCC→ACC) | creC | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CreB or PhoB, regulator of the CreBC regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/49); minor base C (0/1); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGGCGAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTGCCCGGCTCACTCGCTATGCTGATTCCGTCACTGACAATAAGCCCGTTCCTCTCCCCGATCTCGGTAGTAGCGAGTTGCGTAAACTC > AC_000091/4641919‑4642092 | cggcgAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTAcc > 2:1672589/1‑90 (MQ=255) ggcgAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTAccc > 1:2925875/1‑90 (MQ=255) gcgAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTACCCg < 2:2713379/90‑1 (MQ=255) cgAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTACCCgg < 1:1757549/90‑1 (MQ=255) gAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTACCCGGc > 1:1822591/1‑90 (MQ=255) gAATTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTACCCGGc > 1:1796274/1‑90 (MQ=255) aTTTTATGGGCCAGCGCCATTTTGTTGGGGATTGCACTGGTGATTGGCGCAGGCATGGTTTGGTGGATCAACCGCTCTATTACCCGGCTc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |