| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | AC_000091 | 1,067,795 | A→G | S112S (AGT→AGC) | wrbA ← | predicted flavoprotein in Trp regulation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AC_000091 | 1,067,795 | 0 | A | G | 99.0% | 387.6 / ‑4.8 | 101 | S112S (AGT→AGC) | wrbA | predicted flavoprotein in Trp regulation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (53/47); minor base C (0/1); total (53/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AATAGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAACTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCGGACAT > AC_000091/1067708‑1067884 | aaTAGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCt > 2:521665/1‑90 (MQ=255) aGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTaaa < 2:1863605/90‑1 (MQ=255) aGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTaaa > 1:521509/1‑90 (MQ=255) aGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTaaa < 2:2801363/90‑1 (MQ=255) aCAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACg < 1:3232998/90‑1 (MQ=255) aaTTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCt > 1:3325832/1‑90 (MQ=255) aaTTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGAGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCt > 2:1518472/1‑90 (MQ=255) aTTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTc < 1:1738366/90‑1 (MQ=255) aTTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTc < 1:2503115/90‑1 (MQ=255) tACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGc > 2:1289037/1‑90 (MQ=255) cATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAg > 1:3121245/1‑90 (MQ=255) aTGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGt > 1:1328063/1‑90 (MQ=255) tGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGtt < 2:1062745/90‑1 (MQ=255) gCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGttt < 1:2421273/90‑1 (MQ=255) cGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTc < 2:1718465/90‑1 (MQ=255) gTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTcc > 2:1466602/1‑90 (MQ=255) gTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTcc > 1:1797538/1‑90 (MQ=255) tGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCg < 2:845594/90‑1 (MQ=255) gATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGt < 1:1191609/90‑1 (MQ=255) gATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGt > 2:303949/1‑90 (MQ=255) aTGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGta > 1:1266896/1‑90 (MQ=255) tGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGtat < 1:1469557/90‑1 (MQ=255) cgcAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAg > 2:1902457/1‑90 (MQ=255) cgcAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAg > 2:331878/1‑90 (MQ=255) cgcAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAg > 1:281381/1‑90 (MQ=255) cgcAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAg > 1:2720492/1‑90 (MQ=255) gcAAGGGGCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGGTTTCCGTATAGt > 1:3107842/1‑90 (MQ=255) cAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTg > 2:2821141/1‑90 (MQ=255) aaGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTgc < 1:960166/90‑1 (MQ=255) aaGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTgc > 1:52447/1‑90 (MQ=255) gtcgtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCg > 2:1282724/1‑90 (MQ=255) tcgtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCgg > 2:2360080/1‑90 (MQ=255) tcgtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGACCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCgg < 2:455554/90‑1 (MQ=255) cgtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGa > 1:1576079/1‑90 (MQ=255) cgtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGa > 2:480436/1‑90 (MQ=255) gtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGaa > 1:1908639/1‑90 (MQ=255) gtcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGaa < 1:88485/90‑1 (MQ=255) tcCAGGTGGATGTGATGTTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAg < 2:1150308/90‑1 (MQ=255) tcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAg < 1:125620/90‑1 (MQ=255) tcCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAg < 2:2359354/90‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGc < 1:1570919/90‑1 (MQ=255) ccAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGc < 2:1272843/90‑1 (MQ=255) cAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGcc < 1:2692464/90‑1 (MQ=255) cAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGcc > 1:1793210/1‑90 (MQ=255) aGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCTGAAGccc > 1:276657/1‑90 (MQ=255) aGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGccc < 1:595986/90‑1 (MQ=255) aGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGccc < 1:3193493/90‑1 (MQ=255) aGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGccc < 2:1596531/90‑1 (MQ=255) aGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGccc < 2:3193482/90‑1 (MQ=255) ggTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCca > 1:1413067/1‑90 (MQ=255) gTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCcac > 2:84343/1‑90 (MQ=255) tGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCcaca > 2:645948/1‑90 (MQ=255) tGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCcaca > 2:3026889/1‑90 (MQ=255) tgtgATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGgcc < 1:1381540/90‑1 (MQ=255) gATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGgccgcc < 2:2666125/90‑1 (MQ=255) aTGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGccc > 1:2172548/1‑90 (MQ=255) aTGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGccc > 1:2731508/1‑90 (MQ=255) aTGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGccc > 2:2278569/1‑90 (MQ=255) aTGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGccc < 2:231421/90‑1 (MQ=255) gTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTc > 1:3184980/1‑90 (MQ=255) tGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTgg < 2:844662/90‑1 (MQ=255) ttCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTc < 1:2839026/90‑1 (MQ=255) ttCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTc > 1:940755/1‑90 (MQ=255) 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tGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCgg > 2:3076098/1‑90 (MQ=255) tGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCgg > 1:2998213/1‑90 (MQ=255) tGGAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCgg > 1:1687562/1‑90 (MQ=255) ggAGCTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCGGa < 1:1577612/90‑1 (MQ=255) aCTAAAAACGCTCGCCAGTTTTCCGTAGAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCGGACAt < 2:2931031/90‑1 (MQ=255) | AATAGGGACAATTACCATGCCGTGATGCGCAAGGGTCGTCCAGGTGGATGTGATGGTTTGTTCCTGACCGCCGCCAGTACCGGTGGAACTAAAGACGCTCGCCAGTTTTCCGTATAGTGCGCCGGAAGCCCACAGGCCGCCCGTCTGGTCGAGGAAGGTACGCATTTGACCGGACAT > AC_000091/1067708‑1067884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |