Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 290,020 | 0 | T | C | 39.7% | 57.9 / 90.6 | 73 | E164G (GAA→GGA) | BW25113_RS01425 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/19); new base C (13/16); total (38/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATC > NZ_CP009273/289930‑290105 | ataatGTTTGAATATCCTGAGTCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtttt > 1:796593/1‑91 (MQ=255) aatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTccc > 2:371626/1‑91 (MQ=255) aatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTccc > 2:393021/1‑91 (MQ=255) atGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTcccc > 2:804340/1‑91 (MQ=255) atGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTcccc < 2:286197/91‑1 (MQ=255) atGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTcccc > 2:534518/1‑91 (MQ=255) tGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCt < 2:753420/91‑1 (MQ=255) tGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCt < 1:504240/91‑1 (MQ=255) tGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGc > 1:30905/1‑91 (MQ=255) tGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGc > 2:122826/1‑91 (MQ=255) gAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCg < 2:23755/91‑1 (MQ=255) gAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCg < 2:744728/91‑1 (MQ=255) atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa > 2:577310/1‑91 (MQ=255) atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa > 2:289643/1‑91 (MQ=255) atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGa > 2:172939/1‑91 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAg < 2:397857/84‑1 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAg > 1:397857/1‑84 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGAt > 2:220062/1‑91 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGAt < 2:9399/91‑1 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGAt > 2:468949/1‑91 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGAt > 2:668243/1‑91 (MQ=255) tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGAt > 2:193254/1‑91 (MQ=255) ccTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATa < 1:684155/91‑1 (MQ=255) ccTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATa < 1:716189/91‑1 (MQ=255) ccTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATa > 1:416394/1‑91 (MQ=255) ccTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATa < 1:238065/91‑1 (MQ=255) cTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAg < 1:376634/91‑1 (MQ=255) tGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGc < 1:172939/91‑1 (MQ=255) gagaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGcc > 2:626380/1‑91 (MQ=255) acacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCttt < 2:46299/91‑1 (MQ=255) acacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCttt < 1:448243/91‑1 (MQ=255) acacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCttt < 1:559885/91‑1 (MQ=255) acTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 2:256744/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGAt < 2:554022/81‑1 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGAt > 1:554022/1‑81 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 1:587300/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 1:445603/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 1:855912/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCATAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 2:354675/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATa < 1:640462/82‑1 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATa > 2:640462/1‑82 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 1:674557/1‑91 (MQ=255) cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc > 1:744393/1‑91 (MQ=255) tttGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACg > 1:51488/1‑91 (MQ=255) gATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGtat < 2:627039/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGtata < 2:651487/91‑1 (MQ=255) cTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACt > 1:364449/1‑91 (MQ=255) tttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTg < 2:63890/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCg < 2:523083/66‑1 (MQ=255) ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCg > 1:523083/1‑66 (MQ=255) ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGt > 2:116840/1‑91 (MQ=255) ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGt > 2:866506/1‑91 (MQ=255) ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGt < 1:289643/91‑1 (MQ=255) aaaaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCa > 1:851682/1‑91 (MQ=255) aaaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGAt > 1:253519/1‑63 (MQ=255) aaaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGAt < 2:253519/63‑1 (MQ=255) aaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATc < 1:39702/91‑1 (MQ=255) aaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATc < 1:417681/91‑1 (MQ=255) aTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCt > 2:668748/1‑91 (MQ=255) gTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCttt < 1:256744/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTcc < 2:510593/91‑1 (MQ=255) tGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCa > 1:372733/1‑91 (MQ=255) gtaaatgtaaatGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAAt < 1:534251/91‑1 (MQ=255) gtaaatgtaaatGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAAt < 1:230881/91‑1 (MQ=255) gtaaatgGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcatca > 2:30296/1‑91 (MQ=255) aaatgGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCAtt > 1:765985/1‑91 (MQ=255) atgGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAg > 2:497470/1‑91 (MQ=255) atgGCTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAg < 2:82298/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCCATATCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGtt > 1:544032/1‑91 (MQ=255) tttttCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTc < 2:855912/91‑1 (MQ=255) ttCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCttt > 1:828263/1‑38 (MQ=255) ttCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCttt < 2:828263/38‑1 (MQ=255) atatCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa < 2:126578/36‑1 (MQ=255) atatCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 1:126578/1‑36 (MQ=255) atCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAg < 2:765281/91‑1 (MQ=255) atCGTAATTTCCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAg < 2:416394/91‑1 (MQ=255) gTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCGCGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa > 1:565471/1‑91 (MQ=255) gTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa < 2:18851/91‑1 (MQ=255) gTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa > 1:708977/1‑91 (MQ=255) aaTTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATc < 1:376453/91‑1 (MQ=255) | ATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATC > NZ_CP009273/289930‑290105 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |