Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 322,719 | 0 | T | C | 35.8% | 118.2 / 115.7 | 109 | G80G (GGA→GGG) | betA | choline dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/39); new base C (16/23); total (47/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CTTGCGCCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAATGCCAG > NZ_CP009273/322631‑322808 | cTTGCGCCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGccc < 1:382578/91‑1 (MQ=255) ttGCGCCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCg < 1:169822/91‑1 (MQ=255) gcgcCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCa < 2:9806/91‑1 (MQ=255) gcCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACt > 1:551648/1‑91 (MQ=255) gcCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACt < 2:164246/91‑1 (MQ=255) cccAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTc < 1:69577/91‑1 (MQ=255) aGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCAt < 1:687675/91‑1 (MQ=255) tATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACCATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATgcg < 1:336205/91‑1 (MQ=255) tCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATgcggc < 1:117529/91‑1 (MQ=255) tCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATgcggc < 2:480744/91‑1 (MQ=255) agaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATTCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGt < 2:644095/91‑1 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATTCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:28977/91‑1 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTGCCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:524963/91‑1 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGtt > 2:428615/1‑91 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGtt > 2:570449/1‑91 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:436108/91‑1 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt > 1:683297/1‑91 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:626121/91‑1 (MQ=255) gaTCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:446072/91‑1 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTAt < 1:683461/91‑1 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTAt > 1:490055/1‑91 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGt > 1:659674/1‑88 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGt < 2:659674/88‑1 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTAt > 1:650055/1‑91 (MQ=255) tCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTAt > 1:811111/1‑91 (MQ=255) gcgcATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCAt > 2:173678/1‑91 (MQ=255) gcATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATaa < 1:361635/91‑1 (MQ=255) aTTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAAc < 2:4962/91‑1 (MQ=255) aTTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAAc < 1:792877/91‑1 (MQ=255) ttGCCACGGATGTAGCACATTCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACg < 2:538419/91‑1 (MQ=255) ttGCCACGGATGTAGCACATTCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACg < 2:137063/91‑1 (MQ=255) ttGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACg > 1:834276/1‑91 (MQ=255) tGTAGCCCATTCCGTTGATCAGCGCCGATCCCCCCAGCCCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTc < 2:247239/91‑1 (MQ=255) tGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTc > 2:214983/1‑91 (MQ=255) tGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTc < 1:660721/91‑1 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACg > 1:55227/1‑79 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACg < 2:55227/79‑1 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCg > 1:98080/1‑91 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCg > 1:288629/1‑91 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCg > 2:78528/1‑91 (MQ=255) tAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCg > 1:412924/1‑91 (MQ=255) acaTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTc > 1:13748/1‑91 (MQ=255) attccGTTGATCAGCGACGATCCACCGAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt < 2:524082/88‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 2:731995/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 2:366237/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 2:817419/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 2:618857/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 1:584891/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt < 1:570449/91‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGtt > 1:408400/1‑62 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 1:739572/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 1:38614/1‑91 (MQ=255) aTGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCAt > 2:214647/1‑91 (MQ=255) tGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATa > 1:602771/1‑91 (MQ=255) tGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATa > 2:165098/1‑91 (MQ=255) tGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATa < 1:68841/91‑1 (MQ=255) ccGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCACGTTCCGTTTCATAgg > 2:240528/1‑91 (MQ=255) ttGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc > 1:804363/1‑91 (MQ=255) ttGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc < 2:152400/91‑1 (MQ=255) ttGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc > 2:470733/1‑91 (MQ=255) ttGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc > 1:171855/1‑91 (MQ=255) ttGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc < 1:185719/91‑1 (MQ=255) tCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGtt > 1:109726/1‑52 (MQ=255) tCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGtt < 2:109726/52‑1 (MQ=255) aGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGt < 1:820067/91‑1 (MQ=255) gCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAg > 1:429563/1‑80 (MQ=255) 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gaTCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGtt > 1:105469/1‑91 (MQ=255) gaTCCACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGtt < 1:59856/91‑1 (MQ=255) cACCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAcc < 1:214647/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCTGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc < 1:11883/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc < 2:28709/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc < 1:366237/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc < 2:811111/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc < 1:173678/91‑1 (MQ=255) aCCCAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTAccc > 1:407511/1‑91 (MQ=255) cccAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCt < 1:179867/91‑1 (MQ=255) ccAGACCTTTACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTg < 1:202570/91‑1 (MQ=255) aGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTa < 1:274517/91‑1 (MQ=255) gACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAg < 1:606888/91‑1 (MQ=255) gACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAg > 2:868967/1‑91 (MQ=255) gACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAg > 2:870989/1‑91 (MQ=255) ttcccGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGa < 2:374764/88‑1 (MQ=255) ttACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGGGTTTGCCCTGTAGCGGGa < 2:95005/91‑1 (MQ=255) ttACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAAGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGa > 1:306985/1‑91 (MQ=255) ttACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc < 2:690631/64‑1 (MQ=255) ttACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGccc > 1:690631/1‑64 (MQ=255) ttACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGa < 2:146438/91‑1 (MQ=255) ttACCGCGCCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGa > 1:867907/1‑91 (MQ=255) aCCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAAt < 2:126760/91‑1 (MQ=255) gcgcCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAATGcc > 2:143237/1‑91 (MQ=255) gcgTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAATGcc > 2:539274/1‑91 (MQ=255) gTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAATGCCAg < 2:804363/91‑1 (MQ=255) | CTTGCGCCCAGTTATCGAGATCCAGCGCATTGCCACGGATGTAGCACATGCCGTTGATCAGCGACGATCCACCCAGACCTTTACCGCGTCCGCACTCCATGCGGCGGTTATTCATAAACGGTTCAGGTTCCGTTTCATAGGCCCAGTTGTAGCGTTTACCCTGTAGCGGGAATGCCAG > NZ_CP009273/322631‑322808 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |