| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 351,822 | 0 | T | C | 21.0% | 139.6 / 33.4 | 62 | I397T (ATC→ACC) | codB | cytosine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/23); new base C (8/5); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTCGCCTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTACAAACAATTATT > NZ_CP009273/351736‑351911 | ggTCGCCTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCtt < 1:560530/91‑1 (MQ=255) ccTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAAccc < 2:626763/91‑1 (MQ=255) ccTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAAccc < 1:786740/91‑1 (MQ=255) ccTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAAccc < 1:40531/91‑1 (MQ=255) ttGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGaa > 1:215501/1‑91 (MQ=255) ttGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGaa > 2:867825/1‑91 (MQ=255) ttGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGaa > 1:570808/1‑91 (MQ=255) ttGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGaa < 1:266642/91‑1 (MQ=255) aGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTaaa < 2:315934/91‑1 (MQ=255) ggCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTaaaa > 2:582079/1‑91 (MQ=255) aCTGGTTACCGGGAGTTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAc > 2:824526/1‑91 (MQ=255) aCTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAc > 1:676654/1‑91 (MQ=255) cTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAca > 2:845471/1‑91 (MQ=255) cTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAca > 1:652344/1‑91 (MQ=255) ggTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAcagc > 2:380594/1‑91 (MQ=255) ttACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGAcagcag < 2:319423/91‑1 (MQ=255) cGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAAt < 1:592488/91‑1 (MQ=255) gAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGAc > 1:541417/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACg > 2:217446/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACg > 2:532087/1‑91 (MQ=255) ttCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCAtgt < 1:426800/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTATGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:375570/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:340749/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:627722/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 1:542264/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:527706/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:503221/91‑1 (MQ=255) ccGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTgg < 2:773161/91‑1 (MQ=255) ggTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAg > 1:473398/1‑91 (MQ=255) gTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAgg < 1:216348/91‑1 (MQ=255) gTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAgg < 1:330417/91‑1 (MQ=255) aCGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTaa > 1:278168/1‑91 (MQ=255) cgcgGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAAc < 2:363648/91‑1 (MQ=255) cgGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAg < 2:323155/91‑1 (MQ=255) aGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGaa > 2:699978/1‑91 (MQ=255) tGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATaa < 2:741268/91‑1 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATTTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:354867/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:657899/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 1:428383/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:179504/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 1:394965/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:633998/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:454994/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 1:304461/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 1:738334/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:606320/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAAc > 2:56658/1‑77 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAAc < 1:56658/77‑1 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 2:108650/1‑91 (MQ=255) gcgcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACg > 1:617563/1‑91 (MQ=255) gcgcTGAGCTATTTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCt > 1:313589/1‑91 (MQ=255) gcgcTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCt > 1:604008/1‑91 (MQ=255) gcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCt > 1:394262/1‑91 (MQ=255) gcgcTGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCt > 1:830391/1‑91 (MQ=255) tGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTac < 1:824526/91‑1 (MQ=255) tGAGCTATCTGACCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTac < 1:593651/91‑1 (MQ=255) aGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTacaa < 2:393237/91‑1 (MQ=255) aGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTacaa < 2:729137/91‑1 (MQ=255) aGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTacaa < 2:228551/91‑1 (MQ=255) cTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTacaaac < 1:353554/91‑1 (MQ=255) aTCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTACAAACAattatt > 2:208803/1‑91 (MQ=255) aTCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTACAAACAattatt > 1:126881/1‑91 (MQ=255) | GGTCGCCTTGGGGATTGCTGCAGGCCACTGGTTACCGGGAATTGTTCCGGTCAACGCGGTATTAGGTGGCGCGCTGAGCTATCTGATCCTTAACCCGATTTTGAATCGTAAAACGACAGCAGCAATGACGCATGTGGAGGCTAACAGTGTCGAATAACGCTTTACAAACAATTATT > NZ_CP009273/351736‑351911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |