Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,684,806 | T→C | intergenic (‑349/+209) | qseE ← / ← purL | two component system sensor histidine kinase QseE/GlrK/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,684,806 | 0 | T | C | 100.0% | 92.8 / NA | 25 | intergenic (‑349/+209) | qseE/purL | two component system sensor histidine kinase QseE/GlrK/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/10); total (15/10) |
GTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCC > NZ_CP009273/2684721‑2684885 | gtgCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGcc < 1:564220/91‑1 (MQ=255) aGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGc > 1:826373/1‑91 (MQ=255) aGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAag > 2:105735/1‑91 (MQ=255) tGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGAc < 2:684432/91‑1 (MQ=255) tGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGAc < 1:563416/91‑1 (MQ=255) tGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGAc < 2:4425/91‑1 (MQ=255) gTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTaa > 1:432906/1‑91 (MQ=255) gTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTaa > 2:191026/1‑91 (MQ=255) taCGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCa < 1:811176/50‑1 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTTTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATa < 2:736059/80‑1 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATa < 2:830558/80‑1 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATa > 1:830558/1‑80 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATa > 1:736059/1‑80 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:183231/1‑91 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:421115/1‑91 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:429221/1‑91 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:530401/1‑91 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:582684/1‑91 (MQ=255) tGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa > 2:722737/1‑91 (MQ=255) gCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGat < 1:581746/91‑1 (MQ=255) gCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGat > 1:22599/1‑91 (MQ=255) ttGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGataat > 1:598355/1‑91 (MQ=255) gAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAatat > 2:503799/1‑91 (MQ=255) gggTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTaa < 1:429221/91‑1 (MQ=255) ttGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGcc < 1:455644/91‑1 (MQ=255) | GTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCC > NZ_CP009273/2684721‑2684885 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |