| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,877,668 | T→C | intergenic (‑171/+244) | casA ← / ← cas3 | type I‑E CRISPR‑associated protein Cse1/CasA/CRISPR‑associated helicase/endonuclease Cas3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,877,668 | 0 | T | C | 100.0% | 74.2 / NA | 20 | intergenic (‑171/+244) | casA/cas3 | type I‑E CRISPR‑associated protein Cse1/CasA/CRISPR‑associated helicase/endonuclease Cas3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (11/9); total (11/9) | |||||||||||
GGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATA > NZ_CP009273/2877585‑2877753 | ggCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAAt < 1:10560/91‑1 (MQ=255)ggCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAAt < 1:213213/91‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAAtt < 2:772781/91‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAAtt < 2:226529/91‑1 (MQ=255) taattaatTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGtt < 2:570656/91‑1 (MQ=255) ataatCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACaata > 1:203744/1‑91 (MQ=255) ataatCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACaata > 2:844772/1‑91 (MQ=255) acaTTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAatgcat < 2:643413/91‑1 (MQ=255) aTTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAatgcatgc > 2:34858/1‑91 (MQ=255) aTTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAatgcatgc > 1:28543/1‑91 (MQ=255) ttGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTc > 2:555079/1‑91 (MQ=255) aCCTATACATATATTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCACTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGaa < 2:46263/91‑1 (MQ=255) tatatTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCa > 1:369152/1‑57 (MQ=255) tatatTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCa < 2:369152/57‑1 (MQ=255) tatTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTta < 2:521489/91‑1 (MQ=255) tatTAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTta > 2:775906/1‑91 (MQ=255) tAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataa > 1:862340/1‑91 (MQ=255) tAAGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataa > 1:28408/1‑91 (MQ=255) aaGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataat > 1:213179/1‑91 (MQ=255) aGATGCGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTataata > 2:334878/1‑91 (MQ=255) | GGCGTAATTAATTCAATAATCACATTCACTGCAAAAATATATTCATTGGTTTAATACAATTAACCTATACATATATTAAGATGTGTTGAATTGTTTAAAGACAATAATGCATGCATTTCAAATCTGCAAGTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATA > NZ_CP009273/2877585‑2877753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |