| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,409,650 | T→C | intergenic (‑208/‑147) | ulaG ← / → ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,409,650 | 0 | T | C | 95.5% | 75.5 / NA | 22 | intergenic (‑208/‑147) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (12/9); minor base A (1/0); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAA > NZ_CP009273/4409562‑4409728 | tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAAccc < 2:71080/91‑1 (MQ=255) aTGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCAtgt < 1:851960/91‑1 (MQ=255) aTGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCAtgt > 1:214500/1‑91 (MQ=255) aGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAatt < 2:612180/91‑1 (MQ=255) ttAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTAttt > 1:299076/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:158436/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:708549/1‑91 (MQ=255) aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc < 1:186756/91‑1 (MQ=255) aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 1:767080/1‑91 (MQ=255) tCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAtt < 2:299076/91‑1 (MQ=255) cAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCACACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAttt > 2:659048/1‑91 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAAcccc < 2:37475/48‑1 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAAcccc > 1:37475/1‑48 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATcc < 1:662533/57‑1 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATcc > 2:662533/1‑57 (MQ=255) aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTaa > 1:391251/1‑91 (MQ=255) tAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATc < 2:391251/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 1:568168/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 2:46781/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATGTAATAataaat > 2:65717/1‑91 (MQ=255) ggATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa > 1:606381/1‑91 (MQ=255) ttCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGa > 1:686803/1‑91 (MQ=255) tCGTTGTGTGAAACCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGaa > 1:696426/1‑91 (MQ=255) gtgtgAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:467626/1‑41 (MQ=255) gtgtgAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc < 1:467626/41‑1 (MQ=255) | TGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAA > NZ_CP009273/4409562‑4409728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |