| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,515,162 | C→T | L153L (CTG→CTA) | yjhI ← | IclR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,515,162 | 0 | C | T | 100.0% | 111.9 / NA | 29 | L153L (CTG→CTA) | yjhI | IclR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (14/15); total (14/15) | |||||||||||
TTTTTGTAATTCTTCCAGAAACAATTTTTTATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCCAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATCCAGCTTTTGCTC > NZ_CP009273/4515075‑4515249 | tttttGTAATTCTTCCAGAAACAATTTTTTATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGt < 2:859705/91‑1 (MQ=255) tcttcCAGAAACAATTTTTTATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCgtg < 1:124706/91‑1 (MQ=255) ttttATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCtaataa < 2:544268/91‑1 (MQ=255) ttttATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCtaataa < 2:245048/91‑1 (MQ=255) ttttATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCtaataa < 1:449908/91‑1 (MQ=255) gTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTAc < 2:499551/91‑1 (MQ=255) aaaTGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTAccc < 1:745754/91‑1 (MQ=255) aTTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAAcgcg > 1:460028/1‑91 (MQ=255) tGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGt < 1:387071/91‑1 (MQ=255) tGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGt > 2:402048/1‑91 (MQ=255) gcgTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCgtg > 1:368992/1‑54 (MQ=255) gcgTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCgtg < 2:368992/54‑1 (MQ=255) aTGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGc < 1:572213/91‑1 (MQ=255) ggAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACt > 1:45363/1‑91 (MQ=255) ggAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACt > 1:393401/1‑91 (MQ=255) gAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTc > 2:825798/1‑91 (MQ=255) gTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCaa > 1:779539/1‑91 (MQ=255) gTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCaa > 2:618701/1‑91 (MQ=255) tAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCaa > 1:645844/1‑69 (MQ=255) tAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCaa < 2:645844/69‑1 (MQ=255) tAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGt > 1:241475/1‑91 (MQ=255) tAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGt > 2:721229/1‑91 (MQ=255) tAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGt > 2:805830/1‑91 (MQ=255) gAGTGCTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTg > 1:399727/1‑91 (MQ=255) cTTCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAAt > 1:99310/1‑91 (MQ=255) tCTAAAAAATAATCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATcc < 2:427787/91‑1 (MQ=255) atCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATCCAGCTTTTGCtc < 2:452640/91‑1 (MQ=255) atCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATCCAGCTTTTGCtc < 2:393401/91‑1 (MQ=255) atCTAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATCCAGCTTTTGCtc < 2:150616/91‑1 (MQ=255) | TTTTTGTAATTCTTCCAGAAACAATTTTTTATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCCAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCAACTCAAGTTTTTTGCCAATCCAGCTTTTGCTC > NZ_CP009273/4515075‑4515249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |