Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	960,653	T→C	M293T (ATG→ACG)	ycaI →	ComEC family protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	960,653	0	T	C	100.0%	139.6 / NA	37	M293T (ATG→ACG)	ycaI	ComEC family protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (21/16);  total (21/16)

GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCA  >  NZ_CP009273/960565‑960739                                                                                         |                                                                                       ggAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGc                                                                                      <  2:371174/91‑1 (MQ=255)        gctgtgctgCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCttaagtt                                                                               >  2:40222/1‑91 (MQ=255)            tgctgcTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTtaagttaagt                                                                           <  1:406612/91‑1 (MQ=255)            tgctgcTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTtaagttaagt                                                                           <  2:614455/91‑1 (MQ=255)             gctgctTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTg                                                                          >  1:741978/1‑91 (MQ=255)                          ccTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag                                                             <  1:175488/91‑1 (MQ=255)                          ccTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag                                                             >  2:680611/1‑91 (MQ=255)                           cTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagt                                                            <  2:305191/91‑1 (MQ=255)                            tGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag                                                             <  1:352182/89‑1 (MQ=255)                            tGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggag                                                             >  2:352182/1‑89 (MQ=255)                             ggTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACagtggagtgg                                                          >  2:507758/1‑91 (MQ=255)                                tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTg                                                       <  2:11618/91‑1 (MQ=255)                                tGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTg                                                       <  2:174550/91‑1 (MQ=255)                                     ggAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATg                                                  <  2:372614/91‑1 (MQ=255)                                      gAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGt                                                 <  1:750936/91‑1 (MQ=255)                                        aTGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGGTGTAt                                               >  2:632032/1‑91 (MQ=255)                                        aTGCAACCTCCTGCATGGCGGACCAGGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTAt                                               <  1:596898/91‑1 (MQ=255)                                             aCCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGata                                          <  2:741978/91‑1 (MQ=255)                                                       ttGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTgg                                >  1:484980/1‑91 (MQ=255)                                                         gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg                              >  2:694220/1‑91 (MQ=255)                                                         gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg                              >  2:795018/1‑91 (MQ=255)                                                         gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg                              >  2:243338/1‑91 (MQ=255)                                                         gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg                              >  1:630943/1‑91 (MQ=255)                                                         gCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTggcg                              >  1:501971/1‑91 (MQ=255)                                                              ccATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa                                                    >  2:367395/1‑64 (MQ=255)                                                              ccATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGa                                                    <  1:367395/64‑1 (MQ=255)                                                                 tggtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGGTGTATGGATATGTTGTCTGGCGGGAAtttt                      >  2:554804/1‑91 (MQ=255)                                                                   gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCt                                                        >  2:335939/1‑55 (MQ=255)                                                                   gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCt                                                        <  1:335939/55‑1 (MQ=255)                                                                   gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGc                    >  2:372084/1‑91 (MQ=255)                                                                   gtggCGCTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGc                    >  1:567085/1‑91 (MQ=255)                                                                       cgcTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGAt                <  2:635580/91‑1 (MQ=255)                                                                        gcTTGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg               >  1:763633/1‑91 (MQ=255)                                                                          ttGCTACGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGAGGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGa             >  1:778945/1‑91 (MQ=255)                                                                               aCGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg               <  2:5648/84‑1 (MQ=255)                                                                               aCGTGGGGAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATg               >  1:5648/1‑84 (MQ=255)                                                                                     ggAACGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCa  >  2:381751/1‑91 (MQ=255)                                                                                         |                                                                                       GGAATCTGCTGTGCTGCTTTTTATGCCTGGTTGACGGGAATGCAACCTCCTGCATTGCGTACCATGGTGGCGCTTGCTACGTGGGGAATGCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCA  >  NZ_CP009273/960565‑960739

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑