BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	4,272,141	T→C	D288G (GAT→GGT)	espX5 ←	T3SS effector pentapeptide repeat protein EspX5

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	4,272,141	0	T	C	100.0%	70.4 / NA	19	D288G (GAT→GGT)	espX5	T3SS effector pentapeptide repeat protein EspX5
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (10/9); total (10/9)

GTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCAT  >  NZ_CP009273/4272030‑4272244

gTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATc                                                                                >  2:289333/1‑137 (MQ=255)

       taACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTaga                                                                       <  1:289333/139‑1 (MQ=255)

         aCCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTagag                                                                      <  2:391870/138‑1 (MQ=255)

                     aaCGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCgg                                                         >  2:230528/1‑139 (MQ=255)

                      aCGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTaga                                                                       <  2:94120/124‑1 (MQ=255)

                      aCGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTaga                                                                       >  1:94120/1‑124 (MQ=255)

                       cGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGct                                                       <  2:79346/139‑1 (MQ=255)

                             tGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCtaaa                                                  <  2:276680/138‑1 (MQ=255)

                                     gcgTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTaa                                          >  1:256350/1‑138 (MQ=255)

                                      cgTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGt                                                            <  1:348709/119‑1 (MQ=255)

                                      cgTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGt                                                            >  2:348709/1‑119 (MQ=255)

                                          aaaaaGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAatatat                                     <  1:409415/138‑1 (MQ=255)

                                                agTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTa                              >  2:194758/1‑139 (MQ=255)

                                                  tttGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTAt                             >  2:35672/1‑138 (MQ=255)

                                                                  tttATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTa            <  2:256350/139‑1 (MQ=255)

                                                                   ttATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTAc           >  1:305479/1‑139 (MQ=255)

                                                                    tataTTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTAc           <  1:230528/138‑1 (MQ=255)

                                                                           tGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCa   >  2:208575/1‑139 (MQ=255)

                                                                            ggAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGACCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCAt  >  2:328675/1‑139 (MQ=255)

GTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAATATATGGCGCTATTACTTTATAAAGATTTACCTCAGCCAT  >  NZ_CP009273/4272030‑4272244

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 38 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`