Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,409,650 | T→C | intergenic (‑208/‑147) | ulaG ← / → ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,409,650 | 0 | T | C | 100.0% | 54.0 / NA | 17 | intergenic (‑208/‑147) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (8/9); total (8/9) |
CAGGAAGGCAATGACCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTAC > NZ_CP009273/4409517‑4409776 | cAGGAAGGCAATGACCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCa < 2:118717/138‑1 (MQ=255) ttttttGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAat > 1:364879/1‑138 (MQ=255) tttGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:2867/1‑139 (MQ=255) tttGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:271917/1‑139 (MQ=255) gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaa < 2:364879/138‑1 (MQ=255) tGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTtgttgt > 1:422418/1‑139 (MQ=255) aaaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAt < 2:61167/139‑1 (MQ=255) tgtAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTag < 2:37792/138‑1 (MQ=255) tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagt < 1:2867/139‑1 (MQ=255) tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagt < 1:271917/139‑1 (MQ=255) ttCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAgagtgag > 1:288662/1‑139 (MQ=255) ttAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGcac < 2:149725/139‑1 (MQ=255) tAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTag < 1:287054/105‑1 (MQ=255) tAATTGTTTCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTag > 2:287054/1‑105 (MQ=255) tCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATAc > 1:49236/1‑131 (MQ=255) tCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATAc < 2:49236/131‑1 (MQ=255) tCGTTGTGTGAACCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTAc > 1:194033/1‑139 (MQ=255) | CAGGAAGGCAATGACCATTTTTTGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAGAGTGAGTGCACAACATTCCGGGTGTGTGGAATACCCGGTTAC > NZ_CP009273/4409517‑4409776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |