| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,493,312 | A→G | intergenic (‑46/‑563) | insG ← / → nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,493,312 | 0 | A | G | 96.3% | 92.7 / ‑4.2 | 27 | intergenic (‑46/‑563) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (13/13); total (13/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGG > NZ_CP009273/4493177‑4493442 | ccccAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGCGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTc < 2:79205/138‑1 (MQ=255) aGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGAt < 2:91905/139‑1 (MQ=255) tCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCg > 2:184268/1‑139 (MQ=255) cGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCt < 1:434587/138‑1 (MQ=255) agagAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGt > 2:338363/1‑139 (MQ=255) gATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAAc < 2:120646/139‑1 (MQ=255) tACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACa > 1:155338/1‑138 (MQ=255) agagCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGAt > 2:259193/1‑96 (MQ=255) agagCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGAt < 1:259193/96‑1 (MQ=255) gCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACa < 2:251943/139‑1 (MQ=255) tGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACaaa > 2:160366/1‑138 (MQ=255) tgtgCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCt < 1:20064/139‑1 (MQ=255) cATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAAt > 2:253381/1‑139 (MQ=255) aaaaaTCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTtgtg < 2:65577/139‑1 (MQ=255) tttCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGtttt < 2:39345/139‑1 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGa > 1:216857/1‑139 (MQ=255) ttACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGAt > 2:56496/1‑139 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCa > 2:247871/1‑37 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCa < 1:247871/37‑1 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGtt > 2:242435/1‑139 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGtt > 1:171348/1‑139 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 2:171348/139‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGAt < 2:400552/139‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGAt < 2:411464/139‑1 (MQ=255) ggTCATCTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGATGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 1:112402/135‑1 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa > 2:112402/1‑135 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTgg > 1:1773/1‑139 (MQ=255) | CCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGG > NZ_CP009273/4493177‑4493442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |