| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,351,265 | (A)8→7 | coding (487/1539 nt) | cadC ← | lysine decarboxylation/transport transcriptional activator CadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,351,258 | 0 | A | . | 77.8% | 98.8 / 40.5 | 45 | coding (494/1539 nt) | cadC | lysine decarboxylation/transport transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/7); new base . (22/13); total (25/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGG > NZ_CP009273/4351128‑4351390 | aCAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaac > 1:193507/1‑137 (MQ=255) cAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaacca < 1:840886/139‑4 (MQ=255) aaCTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGaaaaaaaccat < 1:639006/139‑5 (MQ=255) aaCTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCa < 1:666487/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa > 2:87841/1‑139 (MQ=255) tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 1:627010/139‑1 (MQ=255) cTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAgg > 1:773294/1‑138 (MQ=255) acacAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAc > 1:87283/1‑139 (MQ=255) gATACCAAACGACAACA‑GAAAAAAAACCATACCAAAAAGTTAGTGAATCTTTTG‑TTTTAAGGTGGGATTGTTTCAGGTGGCTTTGGGGTGTTTTAATGGTTAAAACTGTGGGAGGGAGAATCTGAGAGAGGAACCGCct < 2:768580/139‑1 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAcc > 2:223476/1‑134 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 1:191049/1‑139 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:607894/1‑139 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:570368/1‑139 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:349800/1‑139 (MQ=255) aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCAAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAcc < 1:223476/134‑1 (MQ=255) tAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCttt > 2:177490/1‑52 (MQ=255) tAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCttt < 1:177490/52‑1 (MQ=255) tAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGta > 2:420592/1‑139 (MQ=255) tAACGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGta > 2:828708/1‑139 (MQ=255) aaCGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt > 2:199013/1‑44 (MQ=255) aaCGACAACAGG‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt < 1:199013/44‑1 (MQ=255) aCGACAA‑AAGAAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTGGCGGTGTTTTAAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGtata < 2:818178/139‑1 (MQ=255) caaca‑GAAAAAAAACCATCCCAAAAGGGTAGTGAATCTTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCGGGTGGCGTTGCGGTGTTTTAAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAAAATCTGGGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg < 2:633983/139‑1 (MQ=255) caGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg > 2:296387/1‑137 (MQ=255) | ACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTG‑TTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGG > NZ_CP009273/4351128‑4351390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |