| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,246,553 | Δ1 bp | coding (32/1920 nt) | dhaR → | dihydroxyacetone kinase operon transcriptional regulator DhaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,246,550 | 0 | G | . | 77.3% | 50.0 / 18.0 | 22 | coding (29/1920 nt) | dhaR | dihydroxyacetone kinase operon transcriptional regulator DhaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base . (7/10); total (10/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCGTGACATTTGCTTCTATTTATCGGCGTAAGAAAGCGATGCTG > NZ_CP009273/1246420‑1246683 | gTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATAtc < 2:92162/139‑1 (MQ=255) tAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCaa < 2:674439/138‑1 (MQ=255) aatgaatgTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAAc < 2:722061/138‑1 (MQ=255) aaaCTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCaa > 1:589285/1‑138 (MQ=255) aaaCTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCaa > 2:198175/1‑138 (MQ=255) ttAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACgg < 1:783534/139‑1 (MQ=255) aaTACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACggg < 1:536022/138‑1 (MQ=255) aaaaTTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATg > 2:656603/1‑138 (MQ=255) aaTTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCaa < 2:99023/94‑1 (MQ=255) aaTTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCaa > 1:99023/1‑94 (MQ=255) aaTTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCACCCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGaa < 2:30768/139‑1 (MQ=255) cGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCaa > 1:74648/1‑88 (MQ=255) cGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCaa < 2:74648/88‑1 (MQ=255) cGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACAt < 2:589285/139‑1 (MQ=255) gTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCg > 2:195011/1‑139 (MQ=255) aaGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGaa > 2:205798/1‑111 (MQ=255) aaGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGaa < 1:205798/111‑1 (MQ=255) cGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCACTAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCGTGACATTTGCTTc > 2:844342/1‑139 (MQ=255) cGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTC‑GGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCGTGACATTTGCtt < 1:195011/138‑1 (MQ=255) gcgcTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACgg < 2:139863/80‑1 (MQ=255) gcgcTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACgg > 1:139863/1‑80 (MQ=255) gTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCGTGACATTTGCTTCTATTTATCGGCGTAAGAAAGCGATGCTg > 1:488095/1‑137 (MQ=255) | GTGAAACATATGCTTTAATGAATGTTCCATATTGAAACTTTTACGTGTATTAATACTTAAAATTGCGAGCCGGAACACCTTTTGTCATAAGGGATGCGGGATATGAGTGGCGCTTTTAACAACGATGGTCGGGGCATATCTCCCTTAATTGCAACCTCCTGGGAGCGATGCAATAAGCTGATGAAACGGGAGACATGGAACGTACCACATCAGGCCCAGGGCGTGACATTTGCTTCTATTTATCGGCGTAAGAAAGCGATGCTG > NZ_CP009273/1246420‑1246683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |