Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 147,040 | 0 | A | C | 74.4% | 76.6 / 33.2 | 43 | V134G (GTC→GGC) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/11); new base C (11/21); total (11/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTAT > NZ_CP009273/146902‑147175 | tCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGcagaccaga < 1:642738/139‑1 (MQ=255) tAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGcccc < 2:726128/139‑1 (MQ=255) gtcgtcTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCtt < 2:176621/139‑1 (MQ=255) tgttgCATCCCTTAGTTGGTATATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAAGACTTGGATGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTCGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGGAGACCAGCCCCTTGATATTAGCa < 2:765740/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 2:329046/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 1:81054/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 1:617446/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 2:543210/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 1:322044/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 2:274721/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 2:318842/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACa < 1:466739/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACa < 1:9442/138‑1 (MQ=255) tgttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACa < 2:808322/138‑1 (MQ=255) ttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATg < 2:818163/138‑1 (MQ=255) ttgCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATg < 1:797518/138‑1 (MQ=255) cAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGgtg < 1:656200/138‑1 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCt < 2:560765/120‑1 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCt > 1:560765/1‑120 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa > 2:402917/1‑131 (MQ=255) aCCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACa < 1:402917/131‑1 (MQ=255) ccTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATa < 2:123936/139‑1 (MQ=255) tAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATa > 1:298274/1‑136 (MQ=255) gTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGAc < 2:761373/139‑1 (MQ=255) tAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGgtg < 2:283112/124‑1 (MQ=255) tAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGgtg > 1:283112/1‑124 (MQ=255) gATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAATGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGaa < 1:405904/138‑1 (MQ=255) tCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAg < 1:447146/139‑1 (MQ=255) tgACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTaaa < 1:188345/139‑1 (MQ=255) gaaaaATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGt > 2:173127/1‑139 (MQ=255) aaaaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTc < 2:266678/139‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCGGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTc < 2:522400/139‑1 (MQ=255) gttggAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATc < 1:242015/138‑1 (MQ=255) cGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAAt < 2:213938/135‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCAt > 2:457146/1‑139 (MQ=255) tCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGc < 2:272160/135‑1 (MQ=255) tCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGc > 1:272160/1‑135 (MQ=255) aaTGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTAt < 2:344539/138‑1 (MQ=255) aaTGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTAt < 1:507351/138‑1 (MQ=255) tGTATCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTc > 2:575855/1‑139 (MQ=255) tCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTAt > 2:529524/1‑122 (MQ=255) tCGTATGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTAt < 1:529524/122‑1 (MQ=255) tGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGc > 2:481648/1‑137 (MQ=255) tGCAGACCAGCCCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGc > 1:25919/1‑137 (MQ=255) tGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGcc < 1:575474/138‑1 (MQ=255) cagaccCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTAt < 2:8366/139‑1 (MQ=255) | TCGTAGTCGTCTGCTTTGTTGCAACCCTTAGTTTGTAGATCGCTGTCTGTGACGGAAAAGAAAAATTCTTGGTTGGAAGGATCTCCGATATAGATTCCTGGCGATTGAATGTCAGTTATTGTATCGTATGCAGACCAGACCCTTGATATTAACATGGTGTAATACAGACCAGGAACAGATGTATTAAATAGTTTATGTCCGCCATAATCTTTACCTGAATAGACCATGGCATTTTCAATAGTTATTGGACCAGGATTCGCTCTGCCAGATGTAT > NZ_CP009273/146902‑147175 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |