Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 755,438 | 0 | A | G | 70.8% | 59.7 / 39.3 | 49 | D426G (GAT→GGT) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/5); new base G (19/15); total (28/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGC > NZ_CP009273/755304‑755564 | cggtacggtaCGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTACTCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCg > 2:572049/1‑139 (MQ=255) aTCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCt > 1:315273/1‑139 (MQ=255) tATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTtgt < 2:707550/138‑1 (MQ=255) tATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTtgt > 1:707550/1‑138 (MQ=255) ccAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTg > 1:320360/1‑139 (MQ=255) ccaccTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCg > 1:304408/1‑132 (MQ=255) ccaccTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCg < 2:304408/132‑1 (MQ=255) ccaccTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCg > 1:569987/1‑139 (MQ=255) ccTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTaa < 1:809822/139‑1 (MQ=255) ctctAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTaa > 2:124989/1‑138 (MQ=255) ctctAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAac < 2:466460/139‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCtt > 1:572367/1‑139 (MQ=255) cGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTa < 2:572367/138‑1 (MQ=255) gATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTg < 2:59073/139‑1 (MQ=255) gATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTg < 2:315273/139‑1 (MQ=255) cTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCa < 2:66182/138‑1 (MQ=255) cTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCAt > 2:152031/1‑139 (MQ=255) cGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCAt < 2:569987/136‑1 (MQ=255) cGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGa > 1:202892/1‑139 (MQ=255) actgtactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGgt > 1:844489/1‑139 (MQ=255) tactgATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGc > 2:224864/1‑139 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTAccg > 1:274028/1‑139 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTAccg > 2:376774/1‑139 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTg < 2:284536/111‑1 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTg > 1:284536/1‑111 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGAcc < 1:560776/126‑1 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGAcc > 2:560776/1‑126 (MQ=255) atatCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTAccg > 1:362050/1‑139 (MQ=255) atatCGGTAAGACGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTAccg > 1:593908/1‑139 (MQ=255) tCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTAccgccg > 2:803419/1‑139 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGt > 1:23060/1‑56 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGt < 2:23060/56‑1 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGAt > 1:372535/1‑84 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGAt < 2:372535/84‑1 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTc < 2:844489/139‑1 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGt > 1:42849/1‑138 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGt > 2:191232/1‑138 (MQ=255) ggTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGt > 1:680233/1‑138 (MQ=255) gTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCa < 2:680233/139‑1 (MQ=255) tAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCa > 1:426311/1‑138 (MQ=255) tAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTGAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCa < 2:426311/138‑1 (MQ=255) ttCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAAAACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGGCACaa > 2:325436/1‑139 (MQ=255) gATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCcgac < 2:639683/139‑1 (MQ=255) gATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCcgac > 1:165026/1‑139 (MQ=255) gATTTTCCACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCcgac > 1:639683/1‑139 (MQ=255) ttCCCCGTTAACGGGGACGTCTCGGACGCCGTTGCCTTTGTGCCCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCATTAACCGTGATGTCTCCATCGCCCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGAcgag < 2:321088/138‑1 (MQ=255) ccACGTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGAcgagcc < 1:224864/138‑1 (MQ=255) gTTAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAgcg < 1:634172/139‑1 (MQ=255) ttAACGCGGACGGTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCCCGATTTCCGTAACACCTTTAACCGAGATCTCTCCATCGACCGGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAgcgc < 2:320360/139‑1 (MQ=255) | CGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGATGTCTTCATCGACCTGGTGTGCTACCGCCGTCACGGCCACAACGAAGCCGACGAGCCGAGCGC > NZ_CP009273/755304‑755564 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |