| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,776,541 | T→G | V297G (GTG→GGG) | ydiS → | FAD‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,776,541 | 0 | T | G | 94.4% | 56.9 / ‑2.6 | 18 | V297G (GTG→GGG) | ydiS | FAD‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (10/7); total (11/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTTTAAACAACACCCCGCCATTCGCCCGCTGATTAGCGGCGGCAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑TGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGTGATCGCCGCCAAAGAACGCGCGGATTTCTCCGC > NZ_CP009273/1776420‑1776676 | gATTTTAAACAACACCCCGCCATTCGCCCGCTGATTAGCGGCGGCAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGAcg < 2:646114/139‑1 (MQ=255) ccccGCCATTCGCCCGCTGATTAGCGGCGGCAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGc < 2:773268/139‑1 (MQ=255) ccATTCGCCCGCTGATTAGCGGCGGCAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGaa > 1:282613/1‑139 (MQ=255) cggcAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCgg > 1:514206/1‑138 (MQ=255) ggcAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCa < 1:227292/139‑1 (MQ=255) ggcAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCa < 2:528682/139‑1 (MQ=255) ggcAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCa < 1:494392/139‑1 (MQ=255) aaTATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCAt < 1:49533/139‑1 (MQ=255) cgcgCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCGGGATGATCGGATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTg > 1:568091/1‑139 (MQ=255) cgcATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGC‑TGGATTTAGCCATTGCATCGGCt > 2:697767/1‑139 (MQ=255) gcATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCt > 2:110251/1‑139 (MQ=255) gCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCa > 2:301542/1‑119 (MQ=255) gCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCa < 1:301542/119‑1 (MQ=255) cGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACg > 1:770229/1‑139 (MQ=255) gTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGAGATCgccgcc > 1:224169/1‑138 (MQ=255) cGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGTGATCGCCGCCAAAg > 1:57784/1‑138 (MQ=255) cGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGTGATCGCCGCCAAAg > 2:533511/1‑138 (MQ=255) gCG‑‑‑GGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGTGATCGCCGCCAAAGAACGCGCGGATTTCTCCGc > 2:234077/1‑139 (MQ=255) | GATTTTAAACAACACCCCGCCATTCGCCCGCTGATTAGCGGCGGCAAACTGCTTGAATATTCCGCGCATATGGTGCCGGAAGGCGGTCTGGCAATGGTGCCGCAACTGGTTAACGAGGGCG‑‑‑TGAT‑‑GATCGTTGGTGACGCCGCAGGCTTCTGCCTGAATTTGGGTTTTACGGTCCGCGGCATGGATTTAGCCATTGCATCGGCTCAGGCTGCCGCCACAACGGTGATCGCCGCCAAAGAACGCGCGGATTTCTCCGC > NZ_CP009273/1776420‑1776676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |