Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,581,941 | A→T | T330S (ACC→TCC) | acrD → | multidrug efflux RND transporter permease AcrD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,581,941 | 0 | A | T | 79.2% | 129.8 / 30.2 | 53 | T330S (ACC→TCC) | acrD | multidrug efflux RND transporter permease AcrD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/6); new base T (20/22); total (25/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.24e-01 |
AGCCAGCCTCCGGGCTGGGGGTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGCCGTGCCGG > NZ_CP009273/2581804‑2582073 | agccagccTCCGGGCTGGGGGTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAaccac > 1:276305/1‑139 (MQ=255) gccTCCGGGCTGGGGGTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGt < 2:683828/139‑1 (MQ=255) ccTCCGGGCTGGGGGTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGtt > 2:605209/1‑139 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGc < 1:241288/137‑1 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGc < 1:605209/137‑1 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCt > 2:328271/1‑139 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCt > 2:250396/1‑139 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCt < 2:276305/139‑1 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCt < 1:771986/139‑1 (MQ=255) ggggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAAGGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCt > 1:575365/1‑139 (MQ=255) gggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGt < 2:432718/126‑1 (MQ=255) gggTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGt > 1:432718/1‑126 (MQ=255) ggCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGAc > 2:296256/1‑139 (MQ=255) gCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACg > 1:619163/1‑139 (MQ=255) gCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACg > 2:399946/1‑139 (MQ=255) ggCGCTAACGAAAGGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGa < 2:575365/139‑1 (MQ=255) aGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGctct > 1:493487/1‑139 (MQ=255) cTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTcc < 1:819478/139‑1 (MQ=255) aaTCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCt < 1:385134/137‑1 (MQ=255) aaTCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCt < 2:600543/137‑1 (MQ=255) aaTCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCg < 1:399946/139‑1 (MQ=255) tCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGtt < 1:485584/139‑1 (MQ=255) tCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGt > 2:485584/1‑138 (MQ=255) gTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTa < 1:500947/138‑1 (MQ=255) tgtcGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATAGACCTGGTTTTCCTCGTTATg > 2:309169/3‑139 (MQ=255) tctcGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATg > 1:742075/1‑139 (MQ=255) gacgaGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGt < 2:619163/136‑1 (MQ=255) gacgaGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTa < 1:361840/137‑1 (MQ=255) gaGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGt < 1:252602/139‑1 (MQ=255) gaGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGt > 2:703015/1‑139 (MQ=255) cTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCg < 1:328120/124‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCg > 2:328120/1‑124 (MQ=255) gcAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCaa < 1:446958/139‑1 (MQ=255) tttCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTc > 1:191985/1‑139 (MQ=255) cccGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCcgc > 2:215523/1‑139 (MQ=255) ccGCATGGACTGGAATACAAGGTTGCGTATGAATCCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAACCGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCcgcg < 1:309169/139‑1 (MQ=255) cGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCgcgc < 2:281627/139‑1 (MQ=255) cGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCgcgc < 1:328271/139‑1 (MQ=255) aTGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCAc > 1:139503/1‑139 (MQ=255) aTGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCAc > 1:504540/1‑139 (MQ=255) aTGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCAc > 2:718593/1‑139 (MQ=255) tGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACg < 2:742075/139‑1 (MQ=255) gACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGc < 1:703015/138‑1 (MQ=255) aCTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCt > 1:742332/1‑138 (MQ=255) tGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGa > 1:504429/1‑138 (MQ=255) gAATACAAGGTGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATa < 2:422115/138‑1 (MQ=255) gAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATa < 2:191985/138‑1 (MQ=255) tGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACgctg < 2:233884/59‑1 (MQ=255) tGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACgctg > 1:233884/1‑59 (MQ=255) tGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGc > 2:108899/1‑139 (MQ=255) tGGCGTATGAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGc > 1:238567/1‑139 (MQ=255) tGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGc < 1:296256/139‑1 (MQ=255) tATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGCCGTGc < 2:821348/139‑1 (MQ=255) gAAACCTCCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGCCGTGCCgg > 1:565835/1‑139 (MQ=255) | AGCCAGCCTCCGGGCTGGGGGTAAAACTGGCCTCCGGCGCTAACGAAATGGCGACAGCGGAGCTGGTGCTCAATCGTCTCGACGAGCTGGCGCAGTATTTCCCGCATGGACTGGAATACAAGGTGGCGTATGAAACCACCTCGTTTGTTAAAGCCTCCATTGAAGACGTGGTGAAAACGCTGCTGGAAGCTATCGCTCTGGTTTTCCTCGTTATGTATCTGTTCCTGCAAAACTTCCGCGCCACGCTGATACCCACTATCGCCGTGCCGG > NZ_CP009273/2581804‑2582073 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |