| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,684,806 | T→C | intergenic (‑349/+209) | qseE ← / ← purL | two component system sensor histidine kinase QseE/GlrK/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,684,806 | 0 | T | C | 97.4% | 126.6 / ‑3.4 | 38 | intergenic (‑349/+209) | qseE/purL | two component system sensor histidine kinase QseE/GlrK/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (24/13); total (25/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
CTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAG > NZ_CP009273/2684673‑2684937 | cTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGc > 1:706240/1‑138 (MQ=255) gTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCg > 2:200973/1‑139 (MQ=255) aGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAgaga < 2:58312/139‑1 (MQ=255) aGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAgaga < 1:522166/139‑1 (MQ=255) aGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAgaga < 2:73258/139‑1 (MQ=255) tGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACtgtg < 1:34700/107‑1 (MQ=255) tGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACtgtg > 2:495694/1‑107 (MQ=255) tGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACtgtg < 1:495694/107‑1 (MQ=255) tGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACtgtg > 2:34700/1‑107 (MQ=255) tGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACtta > 2:859628/1‑139 (MQ=255) gCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTTGTGACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCACCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTTTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACttat < 2:153971/139‑1 (MQ=255) tAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACttat > 2:791348/1‑135 (MQ=255) aCTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGCTTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGCCAACTTAAGATAAACTTATTAGat > 2:93651/1‑138 (MQ=255) aCTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGat > 2:647902/1‑138 (MQ=255) gtgCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGataata > 1:753452/1‑139 (MQ=255) tAAAGCAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAAt > 1:633689/1‑139 (MQ=255) tACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAg > 2:78005/1‑138 (MQ=255) ttATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGa < 1:791348/139‑1 (MQ=255) taCGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGacac > 2:234034/1‑139 (MQ=255) gTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCACCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGc < 2:65818/139‑1 (MQ=255) ttGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCa < 1:200973/139‑1 (MQ=255) gCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCaaa > 2:278743/1‑139 (MQ=255) cTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCaaa < 1:859628/138‑1 (MQ=255) tGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAgaga < 2:490268/63‑1 (MQ=255) tGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAgaga > 1:490268/1‑63 (MQ=255) aGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAaccacc > 2:753586/1‑138 (MQ=255) tttATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGt > 1:402280/1‑139 (MQ=255) tttATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACt > 1:726568/1‑61 (MQ=255) tttATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACt < 2:726568/61‑1 (MQ=255) tATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTc < 1:278743/138‑1 (MQ=255) gTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGa > 2:230576/1‑139 (MQ=255) tcctccGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGAtt > 1:57947/1‑138 (MQ=255) ctccGCTGTTTGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTa > 2:341157/1‑138 (MQ=255) tttGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGAcaca > 2:419688/1‑138 (MQ=255) tttGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGAcaca > 2:41509/1‑138 (MQ=255) tttGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGAcaca > 1:69764/1‑138 (MQ=255) tttGAATGTAAACCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGAcaca > 1:599430/1‑138 (MQ=255) aTGTAAACCAGACACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAg > 1:832187/1‑139 (MQ=255) | CTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAG > NZ_CP009273/2684673‑2684937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |