| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,713,437 | A→G | G42G (GGA→GGG) | pat → | protein lysine acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,713,437 | 0 | A | G | 85.7% | 65.5 / 5.5 | 28 | G42G (GGA→GGG) | pat | protein lysine acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base G (13/11); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCGGTATGAGTCAGCGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATGCCAGCCGT > NZ_CP009273/2713305‑2713554 | gaCCGGTATGAGTCAGCGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTa > 1:287737/1‑139 (MQ=255) tGAGTCAGCGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGt > 2:807893/1‑139 (MQ=255) cGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAg > 1:645661/1‑139 (MQ=255) cGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAg > 1:743163/1‑139 (MQ=255) cTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGa < 2:287737/139‑1 (MQ=255) gAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAg < 2:743163/139‑1 (MQ=255) actactGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGgtg > 1:536859/1‑139 (MQ=255) ctactGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGgtgt < 1:349943/139‑1 (MQ=255) cGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACg < 2:133644/114‑1 (MQ=255) cGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACg > 1:133644/1‑114 (MQ=255) aTTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTg < 2:780284/139‑1 (MQ=255) gTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTg < 1:807893/139‑1 (MQ=255) tGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCtt < 1:62099/139‑1 (MQ=255) ccAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACAcc < 1:521642/139‑1 (MQ=255) cAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGc > 1:175087/1‑139 (MQ=255) ttACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTg > 2:385028/1‑115 (MQ=255) ttACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTg < 1:385028/115‑1 (MQ=255) atgatgCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTtggc < 1:613429/86‑1 (MQ=255) atgatgCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTtggc > 2:613429/1‑86 (MQ=255) gatgCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTAc > 2:15692/1‑138 (MQ=255) cGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCg < 2:156283/123‑1 (MQ=255) cGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCg > 1:156283/1‑123 (MQ=255) cGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATg > 2:783111/1‑139 (MQ=255) aCCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATGCCAg > 1:571825/1‑139 (MQ=255) gctgGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATGCCAGCCg > 1:31350/1‑138 (MQ=255) ctgGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATGCCAGCCGt > 1:608579/1‑138 (MQ=255) gCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTgg > 2:51149/1‑51 (MQ=255) gCTTTAACGGGCCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTgg < 1:51149/51‑1 (MQ=255) | GACCGGTATGAGTCAGCGAGGACTGGAAGCACTACTGCGACCAAAATCGATAGCGGTAATTGGCGCGTCGATGAAACCCAATCGCGCAGGTTACCTGATGATGCGTAACCTGCTGGCGGGAGGCTTTAACGGACCGGTACTCCCGGTGACGCCAGCCTGGAAAGCGGTGTTGGGTGTGTTGGCCTGGCCGGATATTGCCAGCTTGCCCTTTACACCCGACCTTGCGGTTTTATGTACCAATGCCAGCCGT > NZ_CP009273/2713305‑2713554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |