| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 2,897,765 | A→T | intergenic (+1032/+341) | ygcE → / ← queE | FGGY‑family carbohydrate kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,897,765 | 0 | A | T | 91.3% | 79.7 / 0.3 | 23 | intergenic (+1032/+341) | ygcE/queE | FGGY‑family carbohydrate kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (6/15); total (6/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGCACTTAATCCATTGATTAAA > NZ_CP009273/2897632‑2897885 | gcgcGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACtctc < 2:356945/137‑1 (MQ=255) ggggAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACa < 1:596032/139‑1 (MQ=255) cAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAg > 1:347906/1‑139 (MQ=255) cacaGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTcac < 2:547988/139‑1 (MQ=255) acaGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTcaca < 2:230640/139‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCTGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTAc < 1:425613/138‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTAc < 1:365105/138‑1 (MQ=255) tATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTAc < 1:791610/138‑1 (MQ=255) aTCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTAcc > 1:773134/1‑138 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAg < 2:422457/116‑1 (MQ=255) gCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAg > 1:422457/1‑116 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAActctct > 2:646467/1‑80 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAActctct < 1:646467/80‑1 (MQ=255) cgGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATc < 1:440540/139‑1 (MQ=255) aaCACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATcacaca < 1:193341/139‑1 (MQ=255) aaCACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATcacaca < 2:347906/139‑1 (MQ=255) tACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAacaaca > 1:627721/1‑139 (MQ=255) tttGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCa < 1:361072/137‑1 (MQ=255) gATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGtt < 2:378146/139‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTaaa < 1:154976/138‑1 (MQ=255) cGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGc < 1:60294/139‑1 (MQ=255) gCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGCACTTAATc > 1:463756/1‑139 (MQ=255) cGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGCACTTAATCCa < 2:463756/139‑1 (MQ=255) cccGCTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGCACTTAATCCATTGATTaaa < 2:773134/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCa > 2:375601/1‑102 (MQ=255) cTGGCGCGGGGAACTCTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCa < 1:375601/102‑1 (MQ=255) | GCGCGGGGAACACGAAATGCTGGTGAGCGTTAATGCCGCAAACACAGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACATTACGCCTTTTTGCGATTGCCCGGTTTTTGCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACACTCTAAACATAACCTATTATTAATTAATGATTTTTTAAGCCAGTCACAATCTACCAACTTTATAGTATCACACAAACAACACATCCATTATGTTAAAGAGCACTTAATCCATTGATTAAA > NZ_CP009273/2897632‑2897885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |