| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,666,352 | A→T | T193T (ACA→ACT) | rcdB → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,666,352 | 0 | A | T | 81.6% | 132.0 / 21.3 | 51 | T193T (ACA→ACT) | rcdB | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/5); new base T (23/17); total (27/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CCGGAAGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCTGGGGAT > NZ_CP009273/3666218‑3666486 | ccGGAAGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCg > 1:439679/1‑138 (MQ=255) ggAAGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGATTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCAc > 2:60519/1‑139 (MQ=255) aaGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCt < 1:633134/139‑1 (MQ=255) aaGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCt < 2:283709/139‑1 (MQ=255) aaGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCt < 2:227202/139‑1 (MQ=255) aaGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCt < 2:665960/139‑1 (MQ=255) gCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGgtg > 1:681025/1‑138 (MQ=255) tCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGt > 1:740011/1‑139 (MQ=255) tCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGt > 1:287193/1‑139 (MQ=255) tCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGt > 2:181911/1‑139 (MQ=255) aCTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc < 1:181911/139‑1 (MQ=255) aCTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc < 2:578919/139‑1 (MQ=255) aCTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGt > 2:733709/1‑139 (MQ=255) tgCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAg < 2:287193/139‑1 (MQ=255) gCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGt > 2:511790/1‑139 (MQ=255) ccAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTg > 1:548483/1‑139 (MQ=255) ccAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTg > 1:199429/1‑139 (MQ=255) tCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGtt > 2:91386/1‑138 (MQ=255) tCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTg < 1:412556/113‑1 (MQ=255) tCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTg > 2:412556/1‑113 (MQ=255) ccGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGttt > 2:426213/1‑138 (MQ=255) cACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc > 1:364001/1‑111 (MQ=255) cACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc < 2:364001/111‑1 (MQ=255) cACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAg > 2:502386/1‑129 (MQ=255) cACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAg < 1:502386/129‑1 (MQ=255) cACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGt > 2:319922/1‑139 (MQ=255) aCTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTc < 2:253051/139‑1 (MQ=255) gcTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGtt < 1:661560/139‑1 (MQ=255) cTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTg < 1:91386/139‑1 (MQ=255) tttGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc > 1:137857/1‑96 (MQ=255) tttGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGcc < 2:137857/96‑1 (MQ=255) tttGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGa > 2:266787/1‑139 (MQ=255) tGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGa < 2:246838/137‑1 (MQ=255) aaGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGc > 1:803382/1‑139 (MQ=255) ccccGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGaa < 2:740011/139‑1 (MQ=255) cTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTAc < 1:115813/46‑1 (MQ=255) cTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTAc > 2:115813/1‑46 (MQ=255) gACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCAcc > 2:214056/1‑139 (MQ=255) aCTTCACACGCAATAGTGCGTTATACCCCGCCCCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGTTGGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCGGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCAccg < 2:225035/139‑1 (MQ=255) cacGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTc > 2:796793/1‑139 (MQ=255) acGCAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCt > 2:250645/1‑139 (MQ=255) cAATATGGCGTTATACCCCGCTCCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTGGAGTTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCATTGGTTTAAGTCTGGCGGCATTTTGACGGAAAACAGTAGCAAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGc < 1:60519/139‑1 (MQ=255) cAATAGTGGTTTATACTCCGCCCCGGGGTTTACACCCTTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAAGGGCGTCCAGGGGTTTAAGTCTGGGGGCTTGTTGACGGTAAACAGTAGCAAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGc < 2:548483/139‑1 (MQ=255) cAATAGTGCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGc < 1:266787/139‑1 (MQ=255) cAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCGGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGc < 1:511790/139‑1 (MQ=255) tGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCt < 1:319922/139‑1 (MQ=255) gCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCa > 2:655340/1‑66 (MQ=255) gCGTTATACTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCa < 1:655340/66‑1 (MQ=255) tataCTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTATGAGGTTGCCAGCGTTATTGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCTGGGGa > 1:826592/1‑139 (MQ=255) tataCACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCTGGGGa > 1:365072/1‑139 (MQ=255) taCTCCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCTGGGGat > 2:187738/1‑138 (MQ=255) | CCGGAAGATGGCGTTATCGCCCGTCCCCTCGGCAAACTGACCATGGTCAACTGTGCCAGTCCGCACTATCTGACGCGCTTTGGTTATCCGCAAAGCCCCGATGATCTGACTTCACACGCAATAGTGCGTTATACACCGCACCTGGGTGTACATCCGTTAGGTTTTGAGGTTGCCAGCGTTAATGGCGTCCAGTGGTTTAAGTCTGGCGGCATGTTGACGGTAAACAGTAGCGAAAACTATCTCACCGCCGGTCTTGCCGGTCTGGGGAT > NZ_CP009273/3666218‑3666486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |