| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,251,134 | T→C | pseudogene (886/986 nt) | BW25113_RS21020 → | DUF2713 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,251,134 | 0 | T | C | 88.7% | 166.9 / 15.6 | 62 | pseudogene (886/986 nt) | BW25113_RS21020 | DUF2713 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (22/33); total (24/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ATGAAGCGTCTGGCTGATGGGGGAGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCAT > NZ_CP009273/4250998‑4251266 | aTGAAGCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCcg > 1:776544/1‑139 (MQ=255)aTGAAGCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCcg > 2:155948/1‑139 (MQ=255) aaGCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGa < 2:651064/139‑1 (MQ=255) aaGCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGa < 2:776544/139‑1 (MQ=255) aGCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGaa < 1:818160/139‑1 (MQ=255) gCGTCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAg > 1:300759/1‑139 (MQ=255) tCTGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCg > 1:770717/1‑139 (MQ=255) tGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGtt > 2:618649/1‑139 (MQ=255) tGGCTGATGGGGGGGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGtt > 2:743696/1‑139 (MQ=255) aaTTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGaa < 1:831111/138‑1 (MQ=255) tGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGAt < 2:279000/138‑1 (MQ=255) aTGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTa < 1:642344/138‑1 (MQ=255) nnaNNNGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATa < 1:276251/137‑1 (MQ=255) gATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACa < 1:151092/138‑1 (MQ=255) aTAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa < 1:839522/139‑1 (MQ=255) aTAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa < 2:207529/139‑1 (MQ=255) aTAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa < 1:314083/139‑1 (MQ=255) tAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTaaaa > 1:6787/1‑128 (MQ=255) tAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTaaaa < 2:6787/128‑1 (MQ=255) tAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGac < 1:389994/139‑1 (MQ=255) tGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTc < 2:629061/139‑1 (MQ=255) gTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTa > 2:276251/1‑119 (MQ=255) cacaTCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGAccc < 2:484151/97‑1 (MQ=255) cacaTCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGAccc > 1:484151/1‑97 (MQ=255) cacaTCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTa > 2:32993/1‑138 (MQ=255) aTCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAaatt < 1:537173/139‑1 (MQ=255) tgaatgaaGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa < 2:5135/121‑1 (MQ=255) tgaatgaaGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa > 1:5135/1‑121 (MQ=255) tgaatgaaGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTa > 1:132802/1‑139 (MQ=255) tgaaGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGAt < 1:481057/139‑1 (MQ=255) gAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGtt < 1:488442/139‑1 (MQ=255) cTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCgggg > 2:219885/1‑139 (MQ=255) cTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCgggg > 2:279283/1‑139 (MQ=255) tCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGAccc < 2:378561/69‑1 (MQ=255) tCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGAccc > 1:378561/1‑69 (MQ=255) atatTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCg > 1:702218/1‑137 (MQ=255) atatTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGga < 1:466948/139‑1 (MQ=255) ttAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa > 1:415078/1‑92 (MQ=255) ttAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGa < 2:415078/92‑1 (MQ=255) ttAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCACAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGaaa > 2:385433/1‑138 (MQ=255) ttAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGaaa > 2:831695/1‑138 (MQ=255) tAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAaat < 2:132802/138‑1 (MQ=255) aaGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAaataa > 1:99053/1‑139 (MQ=255) aaTGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGt > 2:766885/1‑44 (MQ=255) aaTGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGt < 1:766885/44‑1 (MQ=255) aTGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGa < 2:659945/139‑1 (MQ=255) aTGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTAACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGa < 1:618649/139‑1 (MQ=255) cGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAg < 1:219885/138‑1 (MQ=255) aTGCTGCACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGttctt < 1:155948/139‑1 (MQ=255) gctgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTaaaa > 1:801321/1‑64 (MQ=255) gctgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTaaaa < 2:801321/64‑1 (MQ=255) ctgcACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa < 2:114808/139‑1 (MQ=255) ctgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa < 2:149022/139‑1 (MQ=255) ctgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa < 2:748665/139‑1 (MQ=255) ctgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa < 2:770717/139‑1 (MQ=255) ctgcACCACAAGTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa < 1:390932/139‑1 (MQ=255) tgcACCACAATTAATTAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGa > 2:808285/1‑138 (MQ=255) aattaattAGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGa < 1:672948/139‑1 (MQ=255) attaGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCa < 2:534446/139‑1 (MQ=255) attaGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCa < 2:147324/139‑1 (MQ=255) ttaGCTCCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCAt < 2:595463/139‑1 (MQ=255) taGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCAt > 2:603063/1‑138 (MQ=255) | ATGAAGCGTCTGGCTGATGGGGGAGAAATGAATTTTGATGGCTATCTGGATAAGATGTCACATCTGGTGAATGAAGGAACGCTCGATCCTGATATTTTAAGCAAAATGCGAGATGCTGCACCACAATTAATTAGCTTCGCGAAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCAT > NZ_CP009273/4250998‑4251266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |