| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,466,373 | T→A | S374T (TCC→ACC) | BW25113_RS22080 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,466,373 | 0 | T | A | 76.9% | 55.4 / 12.8 | 26 | S374T (TCC→ACC) | BW25113_RS22080 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/1); new base A (8/12); total (13/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GATAATGACAAAGTAGGTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAA > NZ_CP009273/4466238‑4466507 | gATAATGACAAAGTAGGTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTTTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGATTAACCTTACCCCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATcc < 1:575597/138‑1 (MQ=255) aTAATGACAAAGTAGGTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAAccc < 2:754455/138‑1 (MQ=255) tAATGACAAAGTAGGTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCa < 2:829867/139‑1 (MQ=255) gTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAatgatg > 1:82037/1‑138 (MQ=255) tGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAatga > 2:208951/1‑129 (MQ=255) tGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAatga < 1:208951/129‑1 (MQ=255) aCCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAg > 1:266377/1‑139 (MQ=255) atatTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCa < 2:485223/136‑1 (MQ=255) ttATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtga > 1:404970/1‑139 (MQ=255) ttATTGATTCCTTAGATGACGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtga > 2:416156/1‑139 (MQ=255) aTTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTGAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATAc < 1:753488/100‑1 (MQ=255) aTTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATAc > 2:753488/1‑100 (MQ=255) aTTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTtgat > 1:467332/1‑138 (MQ=255) tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACt > 1:403888/1‑138 (MQ=255) tCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACt > 2:813463/1‑138 (MQ=255) gatgatGCAAAGGTTAACCTTACACCGTTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGa < 2:24084/139‑1 (MQ=255) acacCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGta < 1:813463/138‑1 (MQ=255) gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAAt > 2:44730/1‑138 (MQ=255) gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATAtt < 2:6418/45‑1 (MQ=255) gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATAtt > 1:6418/1‑45 (MQ=255) gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATaa > 2:565916/1‑115 (MQ=255) gTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATaa < 1:565916/115‑1 (MQ=255) gattcTGGAGACTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCt < 2:82037/138‑1 (MQ=255) gaCTTTTTCAAAAACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGAt < 1:770279/139‑1 (MQ=255) tttttCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAg > 2:169451/1‑139 (MQ=255) aaaaACCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTaaa < 2:467332/139‑1 (MQ=255) | GATAATGACAAAGTAGGTAACAATGAAATTAATGACATCAAAGTTAACCTGTCTCATATTCTTATTGATTCCTTAGATGATGCAAAGGTTAACCTTACACCGGTCATCGATTCGATTCTGGAGACTTTTTCAAAATCCCCATATATTAATGATGTAAGAATACTGGATTGGTGTTTTAATAAAAGCATGCAATATTTTGATGATACTAAAAAGATAAAGCATGCATGCTCCGTAATAAATCATATTAATCTTCGCAGCGATCAGTCTAAA > NZ_CP009273/4466238‑4466507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |