Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 4,493,312 | A→G | intergenic (‑46/‑563) | insG ← / → nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 4,493,312 | 0 | A | G | 98.3% | 209.3 / ‑3.6 | 58 | intergenic (‑46/‑563) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (29/28); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 |
AGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGG > NZ_CP009273/4493186‑4493442 | aGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGAt < 1:589573/139‑1 (MQ=255) gTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATc > 1:670378/1‑139 (MQ=255) gTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCa < 2:638971/139‑1 (MQ=255) tGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCAt < 1:600714/139‑1 (MQ=255) ttACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAAt < 2:176410/139‑1 (MQ=255) aCGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCt > 2:135231/1‑139 (MQ=255) aCGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCt > 1:562960/1‑139 (MQ=255) agaATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTc > 1:86446/1‑139 (MQ=255) aaTCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCt > 1:348857/1‑131 (MQ=255) aaTCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCt < 2:348857/131‑1 (MQ=255) cGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGt < 2:414871/139‑1 (MQ=255) ggATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGATCTGGTGTTTGTaa > 1:703995/1‑139 (MQ=255) gATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAAc < 2:695159/139‑1 (MQ=255) ccAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATACAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAAc > 1:396065/1‑139 (MQ=255) aTCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATc < 1:218986/139‑1 (MQ=255) gagCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTa < 1:622133/139‑1 (MQ=255) gCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGATCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACa < 2:703995/139‑1 (MQ=255) tGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTaa < 2:477211/120‑1 (MQ=255) tGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTaa > 1:477211/1‑120 (MQ=255) tGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACaaa > 1:667463/1‑138 (MQ=255) gTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACaaaaa > 1:95166/1‑139 (MQ=255) tgtgCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCt > 1:494408/1‑139 (MQ=255) tgCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTc > 2:846040/1‑138 (MQ=255) aTAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAAc > 2:761951/1‑109 (MQ=255) aTAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAAc < 1:761951/109‑1 (MQ=255) aTAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAAtt > 2:297320/1‑139 (MQ=255) aaaaaaaTCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTtg > 1:201596/1‑139 (MQ=255) aaaaaTCCGGAAACAAGTGCGCTTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTtgtg < 2:336800/139‑1 (MQ=255) gTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAc < 1:352923/139‑1 (MQ=255) tGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcg > 2:217015/1‑139 (MQ=255) aGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcgcg < 1:81132/139‑1 (MQ=255) cGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGtt < 2:86446/139‑1 (MQ=255) cGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGtt < 1:345643/139‑1 (MQ=255) tttCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGtttt < 2:535063/139‑1 (MQ=255) cGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGtt < 2:357897/138‑1 (MQ=255) cGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGtt < 1:447462/138‑1 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGtt > 2:20256/1‑139 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGttttt > 1:456407/1‑139 (MQ=255) tGGATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGtttttt > 2:808814/1‑139 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTTTTTTTTGa < 2:719632/139‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 2:670378/139‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 2:95166/139‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 2:562960/139‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGa < 1:297320/139‑1 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACAt < 2:116619/91‑1 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACAt > 1:116619/1‑91 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcgcg > 2:645686/1‑106 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAAcgcg < 1:645686/106‑1 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTg > 2:415226/1‑139 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTg > 1:624562/1‑139 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTg > 2:762322/1‑139 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTg > 2:781331/1‑139 (MQ=255) ggTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCGCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTg > 2:365360/1‑139 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCt < 2:600062/77‑1 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCt > 1:600062/1‑77 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGAc < 2:585774/88‑1 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGAc > 1:585774/1‑88 (MQ=255) gTCAACTGGTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTgg > 1:120176/1‑139 (MQ=255) | AGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGG > NZ_CP009273/4493186‑4493442 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |