| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,455,278 | T→G | R43R (CGT→CGG) | paaJ → | bifunctional 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,455,278 | 0 | T | G | 100.0% | 124.9 / NA | 36 | R43R (CGT→CGG) | paaJ | bifunctional 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (13/23); total (13/23) | |||||||||||
GAAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGTCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGCACAACCATT > NZ_CP009273/1455142‑1455407 | gaAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGGACTGCTGGTGCGAAACCCGCGgct > 1:235876/1‑139 (MQ=255)gaAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGgct < 2:851289/139‑1 (MQ=255)gaAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGgct < 2:482890/139‑1 (MQ=255)gaAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGgct > 1:653481/1‑139 (MQ=255)gaAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAATGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTTCGGGAACTACTGGTGCGAAACCCGCGgct > 1:482890/1‑139 (MQ=255) aGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGgctc > 1:828490/1‑138 (MQ=255) gCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGa > 1:793825/1‑139 (MQ=255) gCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGa > 1:503547/1‑139 (MQ=255) aTGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCg < 2:828490/138‑1 (MQ=255) aTGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCg < 1:177685/138‑1 (MQ=255) tGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGa < 1:551416/139‑1 (MQ=255) tttGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGatgatg < 2:511606/138‑1 (MQ=255) tgACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATc < 1:7476/139‑1 (MQ=255) gAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCgg < 2:363379/139‑1 (MQ=255) cggcggGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGAt < 1:152845/139‑1 (MQ=255) cggGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAAc > 1:409895/1‑139 (MQ=255) ttCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGa < 1:294595/70‑1 (MQ=255) ttCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGa > 2:294595/1‑70 (MQ=255) ttCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGAt > 1:512952/1‑139 (MQ=255) gggCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGc > 1:727374/1‑139 (MQ=255) tgatCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTa > 1:487217/1‑139 (MQ=255) tgatCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTa > 1:256720/1‑139 (MQ=255) tGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAgg < 1:127917/93‑1 (MQ=255) tGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAgg > 2:127917/1‑93 (MQ=255) gctgctATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTgg < 2:503547/136‑1 (MQ=255) tCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGgccgcc > 1:650864/1‑139 (MQ=255) tCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGGTGcc > 1:22839/1‑139 (MQ=255) ttGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGatgatg < 2:753354/55‑1 (MQ=255) ttGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTAGATGCGGAGTGTATCGatgatg > 1:753354/1‑55 (MQ=255) cGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAgt < 2:727374/138‑1 (MQ=255) aaCTGCTGGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTc > 1:292560/1‑139 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:292560/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:235876/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:409895/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 1:217433/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:512952/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:763622/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:793825/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 2:817683/139‑1 (MQ=255) ctgGTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGca < 1:427743/139‑1 (MQ=255) gTGCGAAACCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGcac < 2:653481/137‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGGCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGCACAACCAtt < 1:79522/139‑1 (MQ=255) | GAAGCCTGATGCGTGAAGCCTTTATTTGTGACGGAATTCGTACGCCAATTGGTCGCTACGGCGGGGCATTATCAAGTGTTCGGGCTGATGATCTGGCTGCTATCCCTTTGCGGGAACTGCTGGTGCGAAACCCGCGTCTCGATGCGGAGTGTATCGATGATGTGATCCTCGGCTGTGCTAATCAGGCGGGAGAAGATAACCGTAACGTAGCCCGGATGGCGACTTTACTGGCGGGGCTGCCGCAGAGTGTTTCCGGCACAACCATT > NZ_CP009273/1455142‑1455407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |