| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | = 1972833 | 0 (0.000) | 43 (0.880) | 33/246 | 0.3 | 100% | intergenic (‑379/‑401) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
| ? | NZ_CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑209) | BW25113_RS17830/BW25113_RS25760 | IS1‑like element IS1A family transposase/hypothetical protein | |||||
GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAA > NZ_CP009273/1972696‑1972962 | ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGg > 1:378650‑M1/1‑138 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaat < 2:84413‑M1/139‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggta < 2:694283‑M1/137‑5 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcc < 2:540355‑M1/138‑13 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttat > 2:331423‑M1/1‑120 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttat > 2:220453‑M1/1‑120 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttatt > 1:647306‑M1/1‑118 (MQ=255) caccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATg > 2:356953‑M2/107‑139 (MQ=255) cgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTgcg > 2:29673‑M2/102‑139 (MQ=255) cgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTgcg < 1:288718‑M2/38‑1 (MQ=255) gtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTgcgc < 1:400351‑M2/39‑1 (MQ=255) aTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgtttt < 2:865841‑M1/139‑32 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 1:4955‑M1/1‑103 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 2:802768‑M1/1‑103 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttat < 1:189723‑M1/122‑20 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttat > 2:189723‑M1/1‑103 (MQ=255) aacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCaaaa > 1:552413‑M2/90‑138 (MQ=255) acTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa < 1:220453‑M1/139‑44 (MQ=255) tCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatg > 1:626295‑M1/1‑94 (MQ=255) gagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcaccaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACt > 2:443411‑M2/85‑138 (MQ=255) agggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCa < 1:366673‑M2/56‑1 (MQ=255) cTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgat > 1:50328‑M1/1‑87 (MQ=255) acagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCg > 2:432620‑M2/80‑138 (MQ=255) aaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatga < 1:116573‑M1/137‑54 (MQ=255) aCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgact < 1:279119‑M1/138‑56 (MQ=255) cATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 1:675110‑M1/1‑82 (MQ=255) atagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGaataa < 1:556238‑M2/20‑1 (MQ=255) atagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGaataa > 2:556238‑M2/73‑92 (MQ=255) aaTGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtca < 2:626295‑M1/139‑62 (MQ=255) gaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat < 1:31010‑M2/70‑1 (MQ=255) aTGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcat > 1:865816‑M1/1‑77 (MQ=255) taAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcc < 1:210550‑M1/84‑13 (MQ=255) taAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcc > 2:210550‑M1/1‑72 (MQ=255) aagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCta > 1:30316‑M2/63‑138 (MQ=255) aGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctc < 2:50328‑M1/139‑70 (MQ=255) tACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccacc > 2:453880‑M1/1‑65 (MQ=255) aCTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccga > 2:558995‑M1/1‑64 (MQ=255) aCTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGATAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcaaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccga > 2:780476‑M1/1‑64 (MQ=255) gagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcaccaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAaataat < 1:443411‑M2/84‑1 (MQ=255) cacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACtt < 1:432620‑M2/89‑1 (MQ=255) ttttgGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgag < 2:716063‑M1/139‑83 (MQ=255) ggTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacga > 1:283479‑M1/1‑52 (MQ=255) aaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg < 2:256086‑M2/94‑1 (MQ=255) ccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATAc > 1:595363‑M2/38‑137 (MQ=255) cAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgact < 2:865816‑M1/138‑96 (MQ=255) tcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGAt < 2:881850‑M2/105‑1 (MQ=255) aaTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttc > 2:212994‑M1/1‑42 (MQ=255) aTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttcc > 2:483989‑M1/1‑41 (MQ=255) aTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcc > 2:714328‑M1/1‑41 (MQ=255) aTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactcc < 1:714328‑M1/53‑13 (MQ=255) aTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaat > 1:56519‑M1/1‑41 (MQ=255) aTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaat < 2:56519‑M1/47‑7 (MQ=255) tGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc > 1:372530‑M1/1‑38 (MQ=255) ttAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcc > 2:372431‑M1/1‑36 (MQ=255) taaatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTAtt > 2:522876‑M2/27‑139 (MQ=255) aatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat < 2:466848‑M2/70‑1 (MQ=255) aatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAatcat > 1:466848‑M2/25‑94 (MQ=255) aatcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTAtttt > 2:459913‑M2/25‑139 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAaataat > 2:585733‑M2/24‑107 (MQ=255) atcagtaagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAaataat < 1:585733‑M2/84‑1 (MQ=255) tttCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcc < 2:192678‑M1/128‑103 (MQ=255) tttCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcc > 1:192678‑M1/1‑26 (MQ=255) taagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg < 2:404646‑M2/94‑1 (MQ=255) taagttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg > 1:404646‑M2/19‑112 (MQ=255) ttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg > 1:731678‑M2/15‑108 (MQ=255) ttggcagcatcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATg < 2:731678‑M2/94‑1 (MQ=255) cgctaGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgct < 1:453880‑M1/137‑120 (MQ=255) cgctaGCAAGCAAAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgct < 2:868360‑M1/137‑120 (MQ=255) atcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAg < 1:451803‑M2/122‑1 (MQ=255) atcaccCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAg > 2:451803‑M2/7‑128 (MQ=255) aagcaaAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagat < 1:768236‑M1/139‑129 (MQ=255) agcaaAAATGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagatt > 1:924839‑M1/1‑10 (MQ=255) | GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAATCACTTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAA > NZ_CP009273/1972696‑1972962 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |