| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,284,091 | (A)5→4 | intergenic (‑11/+39) | purU ← / ← ychJ | formyltetrahydrofolate deformylase/YchJ family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,284,087 | 0 | A | . | 97.7% | 186.2 / ‑1.9 | 44 | intergenic (‑7/+43) | purU/ychJ | formyltetrahydrofolate deformylase/YchJ family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (25/18); total (26/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
CATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTGCGGACGTGTACCGT > NZ_CP009273/1283966‑1284212 | cATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAgt < 2:843222/138‑1 (MQ=255) tGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTa > 1:463247/1‑138 (MQ=255) tACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTaaa < 2:1157396/138‑1 (MQ=255) tACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTa < 1:301525/136‑1 (MQ=255) 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aaCTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTc > 1:326626/1‑138 (MQ=255) tCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAAc > 1:408312/1‑138 (MQ=255) gTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCat > 2:97020/1‑139 (MQ=255) gTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCat > 2:1222748/1‑139 (MQ=255) gTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCat > 1:777687/1‑139 (MQ=255) gCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCatta > 1:555499/1‑139 (MQ=255) 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cGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGAc > 2:897944/1‑139 (MQ=255) cGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGAc < 2:463247/139‑1 (MQ=255) cGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGAc > 1:991460/1‑139 (MQ=255) cGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGAc > 1:1060743/1‑139 (MQ=255) cTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTg < 1:97020/139‑1 (MQ=255) tGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAAc > 2:992875/1‑60 (MQ=255) tGGAGTGAATGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAAc < 1:992875/60‑1 (MQ=255) aaTGCATTGCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTGCGGACGTGTACCGt < 2:725837/138‑1 (MQ=255) gCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTGCGGACGTGTACCGt > 2:39567/1‑130 (MQ=255) gCTGG‑AAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTGCGGACGTGTACCGt < 1:39567/130‑1 (MQ=255) | CATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGGTAATACGTGCGATCAGACCTTTTTGGTCCGGACAAATAGTACGCAGAACTTTACGTTGGAGTGAATGCATTGCTGGAAAAACCTTGTTGAGAGTGTTTGCTAAACCGTACCGTCAACCATTATTGGCCGCAGCACTTTTTAAATTTTTTACCTGAACCACAAGGGCAGGGATCGTTGCGACCAAACTGCGGACGTGTACCGT > NZ_CP009273/1283966‑1284212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |